nohup parallel -j 4 'kraken2 --db /db/kraken2-1 --paired meta/temp/qc/{1}_1_kneaddata_paired*.fastq \
--threads 4 --use-names --use-mpa-style --report-zero-counts \
--report meta/temp/kraken2/{1}_report \
--output meta/temp/kraken2/{1}_output' ::: `tail -n+2 meta/result/design.txt | cut -f 1` &>kraken2.log
报错
nohup: ignoring input
kraken2: database ("/db/kraken2-1") does not contain necessary file taxo.k2d
kraken2: database ("/db/kraken2-1") does not contain necessary file taxo.k2d
kraken2: database ("/db/kraken2-1") does not contain necessary file taxo.k2d
kraken2: database ("/db/kraken2-1") does not contain necessary file taxo.k2d
kraken2: database ("/db/kraken2-1") does not contain necessary file taxo.k2d
kraken2: database ("/db/kraken2-1") does not contain necessary file taxo.k2d
看看输入的参数，参数不正确。
以下回答引用chatgpt
根据报错信息，可以看出kraken2缺少文件"taxo.k2d"，看起来你安装kraken2时并没有正确的下载和安装完整的数据库。
按照kraken2的官方下载和安装流程，需要先下载完整的数据库文件（包括“standard”和“minikraken”等）并解压。具体操作如下：
打开官方download页面 https://ccb.jhu.edu/software/kraken2/index.shtml?t=downloads 并下载最新版本的kraken2及相应的数据库文件（比如"standard"或"minikraken"）。
使用tar工具解压下载得到的压缩文件，解压后会得到名为“taxo.k2d”等文件。
将解压后的kraken2程序及数据库文件（包括"taxo.k2d"）放置在你想要的目录下，并使用正确的路径调用kraken2程序即可。
建议重新下载并安装kraken2数据库后再次运行你的代码。
该回答引用GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ
看起来是kraken2找不到所需的taxo.k2d文件导致的错误。
你需要确保你的数据库文件夹/db/kraken2-1中有taxo.k2d这个文件。如果没有，你需要重新构建kraken2数据库，包括taxo.k2d文件。可以尝试以下步骤：
确认你已经安装了kraken2，并且可以使用kraken2-build命令来构建数据库。
确认你已经下载了需要构建kraken2数据库所需的fasta文件。你可以从NCBI下载完整的genbank格式的序列。
运行以下命令，构建kraken2数据库：
kraken2-build --standard --db /db/kraken2-1 --taxids-for-genomes --use-ftp --threads 4
其中，--db参数指定了数据库文件夹的路径，--threads参数指定了使用的线程数，--standard指定了使用标准的kraken2数据库构建方式，--taxids-for-genomes指定了对于每个基因组只选择一个taxid作为标签，--use-ftp指定了从NCBI下载所需fasta文件。
4.等待构建过程完成。完成后，你应该可以在数据库文件夹中看到taxo.k2d文件。
5.重新运行你的kraken2命令。
希望这能解决你的问题！
看起来kraken2无法找到所需的文件。具体来说，它无法找到名为"taxo.k2d"的文件。请确保你已经正确安装了kraken2，并且kraken2数据库中包含所需的文件。你可以检查kraken2数据库文件路径是否正确，以及kraken2数据库的完整性是否受到破坏。