lammps组合模型出现了异常的键？

真心提问，请勿chatgpt直接糊弄，谢谢！
我找到原因了：
是因为我在npt聚合物的过程中用的是周期性边界，而我加入水或者我试着加了真空层，就出现了键拉长的现象。
我之前想过用wall/reflect压缩聚合物，但是我从MS导出并转入到lammps的模型使用的pair_style是 lj/cut/coul/long，他需要设置kspace，而kspace是在非周期性下使用的，我使用了kspace_modify slab 3.0，但是压缩过程中有些原子从聚合物链上脱落。还会报angle missing的错误
谁能帮帮我，好像进入死循环了

以下是原内容：

研究内容：水在聚乙烯表面的润湿
我用MS建模了聚乙烯链，然后导入到lammps种，把力场改成了oplsaa力场
并且对链进行了npt计算。得到了一定密度的聚乙烯。

此时的模型还没有问题。如下

然后我把水和它结合，就出现了bond伸长的现象。改变边界条件没有用。如下

而如果我用上下两个壁面，又会出现更离谱的键，如下

请问这怎么解决呢？
还有就是在npt聚合物过程中，聚合物链断了，是正常的吗，会不会有什么影响

题主，这个问题我来替你解决(参考结合AI智能、文心一言)，若有帮助，还望采纳，点击回答右侧采纳即可。

这种现象可能是由于模型中聚乙烯链和水分子之间的化学键或作用力不够强导致的。在将聚乙烯链和水分子结合时，你需要确保它们之间有足够强的键或作用力来保持它们的稳定性，并避免发生bond伸长的现象。

建议你检查一下你所使用的力场和模型中的化学键、作用力参数等是否正确，并选择合适的条件来进行模拟。此外，也可以尝试调整模型中聚乙烯链和水分子的初始位置和方向，以确保它们能够正确地结合在一起。

参考gpt4：
结合自己分析给你如下建议：
您的模型中的水分子和聚乙烯分子之间的相互作用力场参数设置不正确。您需要检查您的oplsaa力场文件中是否包含了水分子和聚乙烯分子之间的键能、角能、二面角能、范德华能和静电能等参数。如果没有，您需要从文献或者其他来源找到合适的参数，并添加到力场文件中。
您的模型中的水分子和聚乙烯分子之间的距离过近或者过远。您需要检查您的模型文件中是否有水分子和聚乙烯分子之间的重叠或者空隙。如果有，您需要调整您的模型文件中的坐标，使得水分子和聚乙烯分子之间的距离符合力场参数的要求。
您的模拟条件不适合组合模型。您需要检查您的模拟输入文件中是否有合理的温度、压力、时间步长、运动方程等设置。如果不合理，您需要修改您的模拟输入文件中的参数，使得模拟条件适应组合模型的特性。

该回答通过自己思路及引用到GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ搜索,得到内容具体如下：
根据您提供的信息，您在LAMMPS中进行了聚乙烯和水的模拟，并在模拟过程中遇到了异常的键和聚合物链断裂的问题。我将为您提供一些可能的解决方法和解释：

异常的键问题：
- 检查力场参数：异常的键通常与力场参数不匹配有关。请确保您在使用oplsaa力场时，正确设置了聚乙烯和水的力场参数。可以检查力场参数文件中键的弹性常数、键长等参数是否正确。
- 考虑改变力场：如果问题仍然存在，尝试使用其他力场参数进行模拟，或者尝试调整力场参数的数值。不同的力场参数可能会对模拟结果产生不同的影响。
聚合物链断裂问题：
- 考虑模拟时间和温度：聚合物链的断裂可能是由于模拟过程中的高温或超过聚合物链的临界应力导致的。检查您的模拟时间和温度设置是否合理。您可以尝试减小模拟时间步长或降低温度，以减少聚合物链的断裂风险。
- 检查聚合物结构和力场参数：聚合物链断裂也可能与聚合物的结构和力场参数有关。确保聚合物链的初始结构是正确的，并且力场参数与聚合物相匹配。如果力场参数不准确，聚合物链可能会因为内部应力而断裂。
- 考虑模拟条件：不同的模拟条件可能对聚合物链的稳定性产生影响。您可以尝试调整模拟条件，如压力和边界条件，以改善聚合物链的稳定性。

请注意，在进行分子模拟时，问题的根本原因可能涉及多个因素，因此需要仔细分析和调试。建议您仔细检查模型、力场参数和模拟条件，并根据需要进行适当的调整和优化。

如果以上回答对您有所帮助，点击一下采纳该答案～谢谢

引用皆我百晓生小程序回复内容作答：
关于异常的键问题，可能是由于力场参数的选择或仿真设置不当导致的。首先，你可以检查聚乙烯链的力场参数是否与实际相符。聚乙烯具有一定的柔软性，因此可能需要调整键的弹性常数。

其次，你可以检查仿真中的设置是否适当。例如，你可以尝试使用更长的仿真时间，或者调整温度和压力条件，以确保系统稳定。

对于聚乙烯链在npt过程中断裂的问题，这可能是由于聚乙烯链的长度或力场参数不合适导致的。聚合物链的断裂可能会影响后续的仿真结果，因为相邻原子之间的关系被破坏。你可以尝试调整聚乙烯链的长度或使用合适的力场参数，以增强其稳定性。另外，你还可以考虑使用更长的仿真时间，以观察聚乙烯链的稳定性和断裂情况。

总的来说，为了解决出现异常键的问题，你可以尝试以下几个方面：

检查力场参数是否合适，尤其是对于聚乙烯链的键的弹性常数进行调整。
调整系统的温度和压力条件，以使系统更加稳定。
增加仿真时间，以观察系统的演化和稳定性。
检查聚乙烯链长度和力场参数是否合适，以避免聚合物链的断裂。

同时，建议你参考LAMMPS的文档或在LAMMPS用户论坛上寻求更专业的建议和讨论。

检查你在 LAMMPS 中使用的力场参数，特别是关于聚乙烯链和水分子的相互作用。确保你使用的力场参数适用于你的系统。你可能需要查看文献或力场开发者的建议，以获取正确的参数。时间步长的选择也很重要。如果时间步长太大，模拟可能会变得不稳定。尝试减小时间步长，看看是否有改善。
关于聚合物链的断裂问题，通常情况下，在模拟中链的断裂是可能的，尤其是在高温或高压条件下。这通常是由于分子之间的力超过了链的内部连接强度。你可以尝试减小温度或增加链的连接强度来减少链的断裂。但需要注意，聚合物链的断裂也可能是实际系统中的自然现象，具体取决于你模拟的条件和目标。

结合GPT给出回答如下请题主参考
首先，您的判断很正确，周期性边界可能会影响组合模型的键长。因此，当您在聚合物中加入水或者真空层时，会发现键拉长的现象。

解决方法可能有以下几种：

改变边界条件：您可以尝试使用非周期性边界条件，例如fixed、shrink-wrap或者periodic x或y等条件，这些条件可避免键长异常的问题。
调整模型参数：您可以尝试重新设置组合模型中的势函数参数，例如Lennard-Jones势函数和库伦相互作用等。根据实际情况，您可以增加库伦相互作用的强度，降低Lennard-Jones势函数的吸引力等。
使用wall/reflect：如果使用非周期性边界条件不可行，您可以使用wall/reflect来压缩体系。您可以在两侧加入一层wall，将wall设为reflect，这样可以使体系得到压缩，避免异常键长的问题。

总之，解决组合模型出现异常键长的问题，需要综合考虑模型参数、边界条件、压缩方式等因素。希望以上建议能为您提供一些参考。

可能是由于模型中聚乙烯链和水分子之间的化学键或作用力不够强导致了这种现象。在结合聚乙烯链和水分子时，请确保它们之间有足够强的键或作用力来保持它们的稳定性，同时避免发生bond伸长的现象。

建议你检查所使用的力场和模型中的化学键、作用力参数等是否正确，并根据需要进行调整。此外，还可以尝试调整模型中聚乙烯链和水分子的初始位置和方向，以确保它们能够正确结合。