```r
qc.filtering(m012,marker.callrate = 0.1,ind.callrate = 0.1,maf = 0.05
```做Bayes分析时,0.1,0.1,0.05有什么标准或者规定的数值吗?求教各位大神解释一下这三个值的意思
marker.callrate:该参数用于设置过滤掉的标记(SNP)的最低基因位点率(Marker Call Rate)。默认值为0.1,表示如果标记的基因位点率低于0.1(即10%),则该标记将被过滤掉。
ind.callrate:该参数用于设置过滤掉的个体(样本)的最低基因位点率(Individual Call Rate)。默认值为0.1,表示如果个体的基因位点率低于0.1(即10%),则该个体将被过滤掉。
maf:该参数用于设置过滤掉的标记的最低等位基因频率(Minor Allele Frequency)。默认值为0.05,表示如果标记的等位基因频率低于0.05(即5%),则该标记将被过滤掉。