blast鉴定同源基因对的参数设置是什么

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BLAST鉴定同源基因对的主要参数设置有:

1. 比对得分阈值(score threshold):默认为0,可以根据需要设置一个较高的阈值,过滤掉低分比对结果,提高比对精度。
2. E value阈值(Expectation value threshold):默认为10,可以根据需要设置一个较小的E value阈值,过滤掉可能是由于随机匹配产生的低分比对结果,提高比对精度。
3. 覆盖度阈值(coverage threshold):默认为0,可以设置一个较高的覆盖度阈值,过滤掉覆盖度较低的比对结果。
4. 最大比对数(max target sequences):默认为100,可以设置一个较小的最大比对数,只显示相似度最高的N个比对结果。
5. word size:默认为11(nucleotides)或3(amino acids),控制种子匹配的长度,较短的word size可以增大比对灵敏度,较长的可以提高比对精确度。
   这些参数设置出自Altschul等人在1997年发表的著名论文《Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   programs》。根据不同的比对目的,可以灵活调整这些参数,达到 FILTERING(过滤)和 SENSITIVITY(灵敏度)之间的平衡。