bmi<-system.file("exposure.csv"package =TwoSampleMR")
bmi_exp_dat_clumped<- read_exposure_data(filename =bmi,sep=","snp_col= "SNP" beta col= "b"se_col= "se"effect allele col= "A1"other allele col= "A2"eaf_col="Freg1.Hapmap'clump = TRUE)
Error in data.table:fread(filename,header=TRUE,sep=sep):
** 输入是空的或只有字节顺序标记(BOM)或终端控制字符**
针对你的问题结合chatgpt知识库请参考以下内容:
这个错误通常是因为输入的文件编码格式不同导致的。解决方法如下:
可以试图使用编辑器打开此文件,并查看其编码格式是否与当前系统或软件使用的编码格式相同(一般来说,UTF-8是R软件的默认编码格式)。如果文件编码与 R 软件所用的编码不同,可以将文件另存为 UTF-8 编码格式,然后再次尝试读取该文件。
readr 和 data.table 包通常可以更好地处理不同编码格式的文件。比如使用以下代码来代替 read_exposure_data 函数的相关代码:
library(readr)
bmi_exp_dat_clumped <- read_csv(bmi, col_types = cols(SNP = col_character(),
b = col_double(),
se = col_double(),
A1 = col_character(),
A2 = col_character(),
Freg1.Hapmap = col_double()),
locale = locale(encoding = "UTF-8"))
或者使用 data.table 包:
library(data.table)
bmi_exp_dat_clumped <- fread(bmi, header = TRUE, sep = ",",
select= c("SNP", "b", "se", "A1", "A2", "Freg1.Hapmap"),
encoding = "UTF-8")
以上是两种可能的解决方法,应该可以帮助您解决这个问题。
同样遇到这个问题,请问楼主解决了吗
我找到解决办法了,就是说你exposure命名的哪个csv文件,要存到TwoSampleMR包里。在library文件里找见那个包,把csv放进去,然后再执行这两步就解决了。我能拿到打赏吗?