Linux环境下使用miniconda3,在自定义conda环境中安装了需配置的软件包,随后生成好需要下载的 srr.list
输入 cat srr.list |while read id;do ( nohup prefetch $id & );done 命令之后,无法下载sra数据,同时prefetch提示连接错误:
prefetch.2.8.0 sys: connection failed while opening file within cryptographic module - mbedtls_ssl_handshake returned -9984 ( X509 - Certificate verification failed, e.g. CRL, CA or signature check failed )
prefetch.2.8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 ( !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA )
prefetch.2.8.0 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR18926046' cannot be found.
prefetch.2.8.0 sys: connection failed while opening file within cryptographic module - mbedtls_ssl_handshake returned -9984 ( X509 -
Certificate verification failed, e.g. CRL, CA or signature check failed )
不知道是网络配置问题还是其他原因
该回答引用GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ
这个错误信息提示了两个问题:证书验证失败和文件路径无法解析。证书验证失败通常是由于网络连接不安全或者证书校验失败导致的。文件路径无法解析可能是由于缺少必要的文件、目录权限等原因导致的。
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建议先检查网络连接是否正常,防火墙是否阻挡了连接。如果是网络问题,可以尝试使用代理或者直接使用 VPN 连接来解决。如果仍然无法解决,可以尝试关闭证书验证,使用 --no-verify 参数来运行 prefetch 命令,但这样会降低数据安全性。
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如果网络连接正常,可以尝试检查文件路径是否正确,文件权限是否设置正确。如果文件路径不正确,可以修改 srr.list 中对应的路径。如果权限设置不正确,可以使用 chmod 命令来修改文件权限。
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另外,如果您的 prefetch 版本比较老,可以尝试更新到最新版本。
建议你还是换一个网络环境,国内网络下载不稳定
我也碰到了类似的问题,请问题主解决了嘛?
你应该是用conda安装的sra-tools,建议手动安装最新版本,2.8及以前的版本不在支持网站的https安全协议,所以不能下载了,我也遇到这个问题,升级到3.0以上就没问题了
参考GPT和自己的思路:
根据您提供的信息,这个错误提示是由于证书验证失败导致的。可能的原因是您使用的计算机系统没有配置正确的根证书,因此无法验证下载源的证书。解决此问题的方法是更新您计算机系统的根证书。
您可以尝试使用以下命令来更新证书:
sudo apt-get install ca-certificates
如果您的系统不是Ubuntu,您需要使用相应的包管理器来安装证书。如果您不知道如何在您的系统中安装证书,您可以尝试在互联网上搜索相关的文档或咨询您所使用系统的支持部门,以获取更多帮助。
另外,如果您的问题仍然存在,您可以尝试使用其他下载方式或者更换下载源来解决问题。