lammps轨迹文件

编写了一个lammps的in文件,如何去运行这个文件,将其变成一个lammpstrj轨迹文件,最终可以用ovito可视化。
是不是需要在cmd中输入相关指令才能运行?
有看到一些视频操作,但是最终显示mpiexpc表示内部或外部命令,这是哪里出了问题吗?

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答:

要运行LAMMPS的输入文件并生成LAMMPSTRJ轨迹文件,你需要执行以下步骤:

  1. 确保已经正确安装了LAMMPS和OVITO,并且在命令行中配置了正确的环境变量。

  2. 打开命令提示符(cmd)并导航至保存LAMMPS输入文件(.in)的目录。

  3. 在命令提示符中输入以下命令来运行LAMMPS并生成轨迹文件:

    lmp_serial -in input_file_name.in
    

    其中,lmp_serial是启动LAMMPS的命令,input_file_name.in是你编写的LAMMPS输入文件的名称。如果使用的是并行版本的LAMMPS,可以使用lmp_mpi替代lmp_serial

  4. LAMMPS会开始模拟运行,并在运行过程中生成轨迹文件。

  5. 运行完成后,在输入文件所在的目录中会生成一个名为dump.trj或类似名称的文件,这就是LAMMPSTRJ轨迹文件。

  6. 使用OVITO打开生成的LAMMPSTRJ轨迹文件,进行可视化操作。

在视频中出现"mpiexec"表示出现了问题,可能是由于MPI并行运算库没有正确安装或配置的原因。你可以尝试重新安装MPI库,并确保将其正确配置到系统的环境变量中。