测序结果.fastq文件进行fastp之后的out.fastq文件再次进行fastqc时,出现以下报错:
Failed to process file out1.fastq
uk.ac.babraham.FastQC.Sequence.SequenceFormatException: ID line didn't start with '@'
at uk.ac.babraham.FastQC.Sequence.FastQFile.readNext(FastQFile.java:158)
at uk.ac.babraham.FastQC.Sequence.FastQFile.next(FastQFile.java:125)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:76)
at java.base/java.lang.Thread.run(Thread.java:830)
该回答引用ChatGPT
这是一个 FastQC 程序抛出的错误。FastQC 是生物信息学中的一种软件工具,用于评估测序数据质量。
根据错误信息,问题是在尝试读取 out1.fastq 文件时,FastQC 检测到 ID 行(以 '@' 开头)格式不正确,因此无法继续读取文件。
为了解决此问题,请检查 out1.fastq 文件,确保其格式正确。如果是文件的问题,您可以考虑使用其他工具修复文件,或者重新生成该文件。
那请问怎么去修改呢,一个fastq文件有9个G,通过
grep -v '^@' file.fastq
我看到有缺少@的数据,但怎么可以简便准确的在ID行添加上@?
以下答案引用自GPT-3大模型,请合理使用:
片段。
该错误是由于测序结果fastq文件开头不是以'@'开头的缘故。