double[] array_distance = new double[cities_collection.size()]; //存储距离，采用二维数组的形式来存
int star_city;
int end_city;
ArrayList level = new ArrayList();
for(int i = 0 ; i < NIND;i++){
for(int j = 0; j<gen_size;j++){
star_city = (cities_collection.get(i)).get(j);//将所求的x_y的距离存放到这个一个数组中；
最后一行为什么报错，这里要怎么解决？
你的代码不全面，首先你要看报什么错，我估计是下标溢出了。
你应该看看自己是不是越界了，把i，j，数组的size打印一下