###项目部署时候和接口设置了不同的子域名， VUE跨域后，
###使用proxyTable 进行了跨域设置 然后地址就变成了近似一致，在调试工具中使用https://www.domain.com/apis 访问是https://gr.domain.com

proxyTable: {
      '/apis': {
        target: 'https://gr.domain.com',  // 接口地址
        changeOrigin: true, 
        pathRewrite: {
            '^/apis': ''   //需要rewrite重写的,
        } 
      }
    }

###https://gr.domain.com vue项目上线后子页面404 ，404的原因是开启了vue路由的 mode: 'history' 模式，所以需要在PHP中进行伪静态设置↓

<IfModule mod_rewrite.c>
  RewriteEngine On
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
  RewriteRule . /index.html [L]
</IfModule>

###php apache 增加了.htaccess 文件 可是这个文件把 https://www.domain.com/apis 也给重写了，

求助在.htaccess 文件中如何不重写 https://www.domain.com/apis 相关的链接？

如何在 .htaccess 中不重写所有的链接，把 https://www.domain.com/apis 这个分离出来不重写这个 或者https://www.domain.com/apis 重定向到https://gr.domain.com 求助……

地址就变成了近似一致，不知道你想说什么。
你光在vue里面配置了proxyTable，但是 apache并没有配置，当然404了。

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} ! .*www.domain.com\/apis.* 是这样么