在 deal-fa.pl 找对应的指令 求解

脚本2：
perl /mnt/sdb/share/bin/deal_fa.pl
数据路径：/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/fasta
要求：

  1. 过滤掉长度1000bp一下的序列
  2. 提取目标区域（region.txt）内的序列
  3. 计算每个scaffold序列的长度
  4. 以100bp为窗口计算scaffold窗口内的GC含量
  5. scaffold序列基本信息统计（N50，N90，最大长度，最小长度等）
  6. 以300个N链接scaffold序列
  7. scaffold的拆分为contig
  8. 每两个序列拆分为一个文件
  9. 反向互补scaffold的序列
  10. 把不标准的scaffold的序列变成标准的scaffold的序列
  11. fasta文件转化为fastq格式文件
  12. 修改fasta序列前缀名称；前缀为： part

【以下回答由 GPT 生成】

是的，您所描述的内容正确无误。以下是针对每个问题的解决方案：

  1. 过滤掉长度小于1000bp的序列：
awk 'BEGIN{RS=">";ORS=""}{if(length($0)>1000)print ">"$0}' input.fasta > output.fasta
  1. 从region.txt文件中提取目标区域内的序列：
bedtools getfasta -fi input.fasta -bed region.txt -fo output.fasta
  1. 计算每个scaffold序列的长度：
awk '/^>/ {if (seqlen){print seqlen}; print; seqlen=0; next;} { seqlen += length($0); } END {print seqlen}' input.fasta > output.txt
  1. 使用100bp的窗口计算scaffold窗口内的GC含量：
bedtools nuc -fi input.fasta -bed windows.bed > output.txt
  1. 对scaffold序列进行基本信息统计，如N50、N90、最大长度、最小长度等：
biopython 或其他第三方库可以进行此项统计
  1. 使用300个N将scaffold序列连接起来：
awk '/^>/ {if (seqlen){print "\n" }; print; seqlen=0; next;} { seqlen += length($0); printf("%s", $0); } END {print }' input.fasta | awk -vRS="" '{gsub (/\n/,"NNNNNNNNN\n"); print }' > output.fasta
  1. 将scaffold拆分为contig：
awk '/^>/{s=++i".fasta"} {print > s}' RS=">" input.fasta
  1. 将每两个序列拆分为一个文件：
split -l 2 input.fasta
  1. 对scaffold序列进行反向互补操作：
seqtk seq -r input.fasta > output.fasta
  1. 将不符合标准的scaffold序列转换为标准的scaffold序列：
biopython 或其他第三方库可以进行此项操作
  1. 将fasta文件转化为fastq格式文件：
awk '/^>/ {print $0"@seq"}; /^[^>]/ {print $0"+\n""~"}' input.fasta > output.fastq
  1. 修改fasta序列的前缀名称，将前缀改为"part"：
awk '/^>/{print ">part" ++i; next}{print}' input.fasta > output.fasta

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