运行一个python的语句,如下:
python3 test.py test1.csv test2.tab test3.txt output.txt
test.py的代码如下:
import sys
nr_cog = sys.argv[1]
cog_tab = sys.argv[2]
blast = sys.argv[3]
output = sys.argv[4]
#读取 NR 和 COG 映射关系
nr = {}
nr_cog = open(nr_cog, 'r')
for line in nr_cog:
line = line.split(',')
if line[2] not in nr:
nr[line[2]] = [line[6]]
elif line[6] not in nr[line[2]]:
nr[line[2]].append(line[6])
nr_cog.close()
#读取 COG 功能和分类描述
cog = {}
cog_tab = open(cog_tab, 'r')
for line in cog_tab:
line = line.split('\t')
cog[line[0]] = '\t'.join(line[0:3])
cog_tab.close()
#读取 blast 比对结果,根据 NR id,将 COG id、描述、分类等信息匹配在后方
output = open(output, 'w')
blast = open(blast, 'r')
print(f'{blast.readline().strip()}\tCOG_name\tCOG_class\tCOG_description', file = output)
for line in blast:
line = line.strip()
id = line.split('\t')[5]
if id in nr:
for id2 in nr[id]:
print(f'{line}\t{cog[id2]}', file = output)
blast.close()
output.close()
整个过程没有报错,但是最后的结果文件output.txt里只有表头,没有内容,麻烦帮忙看下是不是#读取 blast 比对结果,根据 NR id,将 COG id、描述、分类等信息匹配在后方,那一块数据没有写进output.txt里,问题出在哪里呢?谢谢
【以下回答由 GPT 生成】
要正确运行这个Python脚本并将输出保存到文件中,你需要按照以下步骤进行操作:
首先,确保你的系统上已经安装了Python环境。你可以通过在终端中输入python --version
来确认Python版本是否已经安装。如果没有安装,请根据你的操作系统和版本安装Python。
将Python脚本保存到一个文件中,比如script.py
。
打开终端,并进入脚本所在的目录。
确保你的输入文件 nr_cog
、cog_tab
和 blast
已经准备好,并且位于与脚本相同的目录中。确保输出文件所指定的路径是可写的。
在终端中,运行以下命令来执行脚本并将输出保存到文件中:
python script.py nr_cog cog_tab blast output
其中,nr_cog
、cog_tab
、blast
和 output
是你的输入文件和输出文件的路径。请将其替换为你自己的路径。
请注意,在运行脚本之前,你还需要确保脚本中缺失的部分已经被填充完整。在你提供的代码示例中,最后有一个if id in nr:
的条件判定,但是条件的内容没有给出。你需要根据你的需求将其补充完整。
希望这个解决方案对你有帮助!如果你还有其他问题,请随时提问。
没有导致相关的依赖或者包。应该是包没有导入,我报错了。