CDK怎么根据结构式生成图片

CDK怎么根据结构式生成图片？

这个是依赖：

网上的教程给的方法无法实现，有没有厉害的朋友帮我看看

方法找不到，jar包里面也没有相关内容

这里是代码里面的实现方法

但是项目比较老了，这两个依赖也找不到了

还是得自己揪头发才有用，可以用indigo来实现，springBoot里面的依赖加入不进来，只能引入外部jar。来实现化学结构式转图片

对不起，我无法直接提供CDK根据结构式生成图片的详细步骤，因为这涉及到复杂的图形和化学信息处理技术。不过，我可以告诉你CDK（Open Science CDK）是一个很好的工具，它可以进行化学结构的解析和渲染。

以下是一个一般化的流程，你可以根据CDK的官方文档和教程进行更深入的了解：

使用CDK的接口或类库创建IAtom对象来表示化学结构。你可能需要读入一个包含化学结构的文件，如SDF或SMILES文件。
使用CDK的图形和渲染工具，如 ChemicalViewer 或 DefaultChemObjectViewer 类，将IAtom对象转换成图像。
调整图像的各种属性，如大小、颜色、线条粗细等。
保存或输出图像。你可以将图像写入文件，或者通过HTTP响应发送给用户。

在实现这一流程的过程中，你可能需要深入了解CDK的API、化学结构表示、图形渲染等相关知识。如果需要更多信息，建议访问Open Science CDK的官方网站，查看其文档和教程。

查一下这个依赖是什么版本的。

【以下回答由 GPT 生成】

优化后的问题:

问题标题: 在Java中，如何使用CDK库根据给定的结构式生成图片？

问题标签: java, CDK

问题内容: 我想使用CDK库在Java中生成图片，但是网上的教程提供的方法无法实现。请问有没有人能帮我看看这个问题？

以下是相关细节:

依赖关系: 请提供CDK的版本和其他相关依赖的信息。
CDK版本:
其他依赖:
代码实现方法: 请提供你当前尝试的代码实现方法。

java // 在这里粘贴你的代码

问题详情: 你提到项目比较老，导致两个依赖也找不到了。请提供更多关于这两个依赖的信息，或者解决问题的其他尝试。
缺失的依赖1:
缺失的依赖2:

希望以上信息能帮助到你更好地理解我的问题。

【相关推荐】

请看👉 ：常用CDK生成Java算法(大数异或)

如果你已经解决了该问题, 非常希望你能够分享一下解决方案, 写成博客, 将相关链接放在评论区, 以帮助更多的人 ^-^

结合GPT给出回答如下请题主参考
CDK可以根据给定的结构式生成相应的分子结构图片。以下是使用CDK生成分子结构图片的简单示例代码：

首先，我们需要将结构式转换为CDK的分子对象：

// 导入所需的包
import org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule;
import org.openscience.cdk.exception.CDKException;
import org.openscience.cdk.smiles.SmilesParser;
import org.openscience.cdk.tools.manipulator.MoleculeTools;

// 定义结构式
String smiles = "CC(=O)O";

// 将结构式转换为分子对象
IMolecule molecule = null;
try {
    SmilesParser parser = new SmilesParser();
    molecule = parser.parseSmiles(smiles);
} catch (CDKException e) {
    e.printStackTrace();
}

// 可选：如果结构式中没有显式指定氢原子，则需要加上氢原子
MoleculeTools.convertImplicitToExplicitHydrogens(molecule);

然后，使用CDK提供的Renderer进行分子结构图片的生成：

// 导入所需的包
import org.openscience.cdk.renderer.generators.IGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.BasicSceneGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.HighlightAtomGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.HighlightBondGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.HighlightGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.IGeneratorParameter;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.parameter.HighlightColor;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.BasicAtomGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.BasicBondGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.BasicGeneratorSet;
import org.openscience.cdk.renderer.RendererModel;
import org.openscience.cdk.renderer.Renderer;
import java.awt.Dimension;
import java.awt.Color;
import java.awt.Graphics2D;
import java.awt.image.BufferedImage;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

// 定义生成器列表和相关参数
List<IGenerator<IGeneratorParameter>> generators = new ArrayList<IGenerator<IGeneratorParameter>>();
generators.add(new BasicSceneGenerator());
generators.add(new HighlightAtomGenerator());
generators.add(new HighlightBondGenerator());
generators.add(new HighlightGenerator());
generators.add(new BasicAtomGenerator());
generators.add(new BasicBondGenerator());
IGeneratorParameter highlightColor = HighlightColor.class.cast((new HighlightColor()).getDefault());
generators.get(1).getParameters().get(highlightColor.getClass()).setValue(highlightColor);

// 设置渲染器参数
RendererModel rendererModel = new RendererModel();
rendererModel.set(BasicGeneratorSet.class, generators);

// 创建渲染器和画布
Renderer renderer = new Renderer(rendererModel);
Dimension drawArea = new Dimension(200, 200);
BufferedImage image = new BufferedImage(drawArea.width, drawArea.height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
Graphics2D g2 = image.createGraphics();
g2.setBackground(Color.WHITE);
g2.clearRect(0, 0, drawArea.width, drawArea.height);

// 渲染分子结构，并输出结果图片
renderer.paint(molecule, new AWTDrawVisitor(g2), drawArea, true);

这样，生成的分子结构图片就会以BufferedImage的形式存储在image对象中了。你只需要将image对象写入到文件中或者在GUI中显示出来即可。

重新写
将CDK库添加到你的Java项目
创建一个Java类，导入CDK库的相关类，例如org.openscience.cdk.interfaces.IChemObjectBuilder和org.openscience.cdk.sdg.SugarStructure。
使用CDK来创建一个分子对象，你可以通过解析SMILES字符串或手动添加原子和键来构建分子结构。这里以解析SMILES字符串为例：

IChemObjectBuilder builder = SilentChemObjectBuilder.getInstance();
String smiles = "CCO"; // 举例一个SMILES字符串
IAtomContainer molecule = org.openscience.cdk.smiles.SmilesParser.parseSmiles(smiles, builder);

创建一个SugarStructure对象，并将分子添加到其中：

SugarStructure sugar = new SugarStructure();
sugar.addMolecule(molecule);

为了生成分子的图片，你可以使用CDK的DepictionGenerator类：

DepictionGenerator generator = new DepictionGenerator();
generator.depict(sugar);

最后，你可以将生成的图片保存为文件或将其显示在Java应用程序的GUI中。示例代码：

File outputFile = new File("molecule.png");
ImageIO.write(sugar.getImage(), "PNG", outputFile);

这应该可以帮到你

还没导入依赖吧，你重新Maven一下

可以参考下

cdk&java | 分子sdf文件生成_分子式如何生成图片 java_ASKCOS的博客-CSDN博客 sdf_分子式如何生成图片 java

https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/125432998

生命科学领域的专业信息解决方案！ - BlogJava http://www.blogjava.net/rain1102/

结合GPT给出回答如下请题主参考
使用CDK生成化学结构图片的步骤如下：

导入CDK依赖包。CDK是基于Java的化学信息学工具包，可以通过Maven或Gradle添加以下依赖包：

<dependency>
    <groupId>org.openscience.cdk</groupId>
    <artifactId>cdk-core</artifactId>
    <version>2.3</version>
</dependency>
<dependency>
    <groupId>org.openscience.cdk</groupId>
    <artifactId>cdk-io</artifactId>
    <version>2.3</version>
</dependency>

创建一个SmilesParser对象，使用SMILES字符串来表示化合物的结构：

SmilesParser parser = new SmilesParser(DefaultChemObjectBuilder.getInstance());
String smiles = "CC(C)C1CC=C(C(C)C)C(C)(C)C1";
IAtomContainer molecule = parser.parseSmiles(smiles);

创建一个Canvas对象，设置画布大小和分辨率：

Canvas canvas = new Canvas(400, 400);
canvas.setZoom(1.0);

创建一个StructureDiagramGenerator对象，将分子转换为有机分子的二维平面结构：

StructureDiagramGenerator sdg = new StructureDiagramGenerator();
sdg.setMolecule(molecule);
sdg.generateCoordinates();
IAtomContainer molecule2D = sdg.getMolecule();

将有机分子的二维平面结构绘制在画布上：

AtomContainerRenderer renderer = new AtomContainerRenderer();
renderer.setup(molecule2D, canvas);
renderer.setRenderer2DModel(new BasicSceneGenerator());
renderer.paint(canvas, new AWTDrawVisitor(canvas.getGraphics()));

将画布保存为图片，如PNG格式：

BufferedImage image = canvas.getImage();
File output = new File("molecule.png");
ImageIO.write(image, "png", output);

完整的代码示例：

import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.File;
import javax.imageio.ImageIO;
import org.openscience.cdk.DefaultChemObjectBuilder;
import org.openscience.cdk.interfaces.IAtomContainer;
import org.openscience.cdk.io.SMILESReader;
import org.openscience.cdk.renderer.AtomContainerRenderer;
import org.openscience.cdk.renderer.generators.BasicSceneGenerator;
import org.openscience.cdk.renderer.visitor.AWTDrawVisitor;
import org.openscience.cdk.smiles.smarts.SMARTSQueryTool;
import org.openscience.cdk.structgen.deterministic.StructureDiagramGenerator;
import org.openscience.cdk.tools.manipulator.AtomContainerManipulator;
import org.openscience.cdk.tools.manipulator.ChemModelManipulator;
import org.openscience.cdk.tools.manipulator.ReactionManipulator;
import org.openscience.cdk.tools.manipulator.ReactionSetManipulator;
import org.openscience.cdk.tools.manipulator.RingSetManipulator;

public class CDKStructureImageExample {

    public static void main(String[] args) throws Exception {

        // Parse SMILES string
        SmilesParser parser = new SmilesParser(DefaultChemObjectBuilder.getInstance());
        String smiles = "CC(C)C1CC=C(C(C)C)C(C)(C)C1";
        IAtomContainer molecule = parser.parseSmiles(smiles);
        
        // Generate 2D structure
        StructureDiagramGenerator sdg = new StructureDiagramGenerator();
        sdg.setMolecule(molecule);
        sdg.generateCoordinates();
        IAtomContainer molecule2D = sdg.getMolecule();

        // Create canvas
        Canvas canvas = new Canvas(400, 400);
        canvas.setZoom(1.0);

        // Render molecule on canvas
        AtomContainerRenderer renderer = new AtomContainerRenderer();
        renderer.setup(molecule2D, canvas);
        renderer.setRenderer2DModel(new BasicSceneGenerator());
        renderer.paint(canvas, new AWTDrawVisitor(canvas.getGraphics()));

        // Save canvas as image
        BufferedImage image = canvas.getImage();
        File output = new File("molecule.png");
        ImageIO.write(image, "png", output);
    }
}

http://www.baidu.com/link?url=qk1dI61OKGx6HGMmQeu63YxJDnXhpj9RkbAB3cx29jvPPPU7PjchcUXGtzfwxrXE5wOanb0Qq7M7_WjIQT5xTcewKkyEY3diJwf7m3fa9Bu