构建kraken2数据库

在Linux 上怎么构建一个小点的kraken2数据库？我已经下载了mini库还要在下载taxonomy 吗？

# 您可以使用以下命令构建kraken2数据库，这个参数挺多的，这个只是一部分，您搜一搜看自己需求整：
kraken2-build --config sample.kraken2.cfg --threads 8

您无需单独下载taxonomy信息，对于mini kraken2数据库来说，已经包含了taxonomy信息。

【以下回答由 GPT 生成】

问题答案：

要在Linux上构建一个小型的kraken2数据库，需要按照以下步骤进行操作：

1. 下载kraken2软件包：

wget https://github.com/DerrickWood/kraken2/archive/v2.0.8-beta.tar.gz
tar -xzf v2.0.8-beta.tar.gz
cd kraken2-2.0.8-beta

1. 安装kraken2：

./install_kraken2.sh <install_directory>

其中，<install_directory>是你想要安装kraken2的目录，如/usr/local/kraken2。

1. 下载kraken2 mini库文件：

mkdir <database_directory>
cd <database_directory>
wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/minikraken2_v1_8GB_201904_UPDATE.tgz
tar -xzvf minikraken2_v1_8GB_201904_UPDATE.tgz

其中，<database_directory>是你想要存放mini库文件的目录，如/data/kraken2_db。

1. 下载kraken2 taxonomy文件：

kraken2-build --download-taxonomy --db <database_directory>

这将下载并生成必要的taxonomy文件。

最后，你现在已经成功在Linux上构建了一个小型的kraken2数据库。