R语言菜、鸟新、手,自学到处抄别人的代码,现在不会了,请论坛大、神帮忙解释解决下,感谢感谢
library(limma)
library(affy)
library(AnnoProbe)
library(AggregateR)
library(nycflights13)
library(readxl)
library(tidyverse)
library(GEOquery)
library(conflicted)
library(stringr)
library(ggplot2)
library(reshape2)
gset <- read.table('GSE6764_series_matrix.txt.gz',sep = "\t",
comment.char = "#", stringsAsFactors = F,
header = T, fill = TRUE, quote = "")# 读取 series_matrix文件为data.frame
class(gset)
gset[[1]]
exp <- Biobase::exprs(gset[[1]])
最后这里报错
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"character"’
【以下回答由 GPT 生成】
问题原因是在运行Biobase::exprs(gset[[1]])
时,R语言无法找到适用于exprs
函数的适当方法,因为输入的参数类型不正确。
解决这个问题的方法是将gset[[1]]
转换为ExpressionSet对象,然后再调用exprs
函数。按照下面的步骤进行操作:
Biobase
包,运行以下代码:install.packages("Biobase")
Biobase
包,运行以下代码:library(Biobase)
gset[[1]]
转换为ExpressionSet
对象。可以使用ExpressionSet
函数来完成,如下所示:eset <- ExpressionSet(assayData = as.matrix(gset[[1]]))
exprs
函数获取转换后的表达值。运行以下代码:exp <- exprs(eset)
这样,你就可以成功获取到表达值。
如果你尝试了以上方法仍然出现错误,请确保已经正确加载了所有需要的包,并检查文件路径和文件内容是否正确。
请注意,以上解决方案是基于提供的信息和代码片段给出的,如果还有其他相关信息或代码,请提供给我,以便我能给出更准确的解决方案。
15行就开始错了,read.table不该是gz压缩包文件,其次如果是已经整理好的矩阵txt文件,直接解压后read.table进来即可不需要再exper什么了