GO、KEGG富集分析基因列表

请问GO、KEGG富集分析的基因列表可以同时是上调和下调基因的集合吗

可以，上下调只是在做差异分析里判断出来的差异基因，做是肯定可以做。得结合你的研究目的，合在一起做富集和分开做都可以试试