R语言；TCGA肝癌数据库

哪位帮忙下啊，TCGA肝癌数据库
我有个TIDE的frame，是图1这样，我想用gsub提取“-”的前3项，比如TCGA-DD-AAVQ-01A-11R-A41C-07截取成TCGA-DD-AAVQ
代码如下：
row.names(tide)=gsub("(.?)\-(.?)\-(.?)\-(.?)\-.*","\1\-\2\-\3",row.names(tide))

可是报错了> row.names(tide)=gsub("(.?)\-(.?)\-(.?)\-(.?)\-.*","\1\-\2\-\3",row.names(tide))
Error in .rowNamesDF<-(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names'
好像是有重复的行，请问如何解决啊？

先给你的数据添加一个唯一的编号作为行名，然后用make.unique函数来处理重复的行名就可以了

根据你提供的代码和错误信息，错误是由于重复的行名称导致的。这意味着在提取前三项并替换行名称时，有些行名称产生了重复。

为了解决这个问题，你可以尝试使用 sub() 函数代替 gsub() 函数，并结合使用正则表达式和替换规则来提取前三项。

以下是一个示例代码：

row.names(tide) <- sub("(.+?)\\-.+?\\-.+?\\-.+?\\-.+", "\\1", row.names(tide))

这里使用了 sub() 函数，它只替换第一个匹配项。正则表达式中的 (.+?)\\-.+?\\-.+?\\-.+?\\-.+ 匹配整个行名称，并使用 (.*?) 提取前三项。替换规则 "\\1" 表示替换为第一个提取的组（即前三项）。

请注意，这只会对匹配到的行名称进行替换，如果有些行名称不匹配正则表达式，则不会进行替换。因此，在应用这个代码之前，确保所有的行名称都符合你的提取规则。

如果仍然遇到问题，请提供更多的信息，例如示例数据或更详细的错误信息，以便更准确地解决问题。

R语言---使用cgdsr包下载TCGA数据---笔记整理
可以参考下这个例子


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