Foldx的构建突变体模型命令不能识别,按照官网上视频教程已经修改过很多次文件了,但就是不能识别该命令。命令具体:
FoldX --command=BuildModel --pdb=BM.pdb --mutant-file=individual_list.txt
要修改的地方是在individual这个文件中,运行时提示的问题时找不到指定的氨基酸,请问各位是我的文件中有问题还是编辑的格式不对?
检查FoldX是否正确安装:确认您已正确安装FoldX并设置好相关环境变量。可以尝试在命令行中输入FoldX
来验证FoldX是否可以正常运行。
检查命令参数和文件路径是否正确:请确保您正确指定了--pdb
参数来指定PDB文件的路径,以及--mutant-file
参数来指定包含突变信息的文件的路径。在您的命令中,BM.pdb
应该是PDB文件的名称,而individual_list.txt
应该包含有效的突变信息。
检查突变信息文件格式:确保您的individual_list.txt
文件按照FoldX要求的格式进行编辑。每个突变应该占据单独的一行,并包含氨基酸的位置和更改后的氨基酸的代码。例如,A123C
表示将位置123处的氨基酸A突变为C。确保该文件没有额外的空格、换行符或其他字符,这可能导致识别问题。
检查PDB文件中是否有指定的氨基酸:FoldX在建立模型时需要参考PDB文件。确保PDB文件中存在所需的氨基酸,并且其命名和编号与突变信息文件中指定的一致。