做生信分析的时候,WGCNA分析要求样本量大于15个,这15个是指总样本量大于15即可,还是要每组样本量都大于15个?查阅相关资料并没有详细说明,请求指点!
自己最近做的生信分析里是两组,一组13例,一组3例,被审稿人认为样本量太少,所以想问下是按总数13+3达到15例就可以,还是每组都要大于15例才行呢?
每一个独立的样本组样本量都达到15个或更多,才能得到较为稳定和可靠的结果。如果样本组的样本量过少,很容易产生偶然的结果
至少15个,推荐20
WGCNA的分析要求,其实在WGCNA官网的FAQ中有介绍。我整理一些大家常问的问题,供大家参考:
1. 需要多少个样本?
1.1 至少需要15个样本,推荐20个以上的样本。
1.2 样本越少,网络的噪音就越大,样本越多,网络就更加的稳健。
2. 基因是否需要进行筛选?
2.1 一般对表达量低,在样本间变化不大的基因过滤掉。
2.2 强烈不建议采用差异表达的基因进行WGCNA分析, 因为差异表达的基因,就是的样本失去了多样性。
3. RNA-seq 数据是否可以进行WGCNA分析?
3.1 转录组的数据可以进行WGCNA的分析 。
3.2 基因的表达量需要进行标准化才可以分析 。
4. WGCNA 的分析基础是什么?
1. WGCNA的分析基础是基于表达矩阵,构建一个无尺度的网络,再基于网络的一些理论和算法进行分析。
2. 分析结果的好坏,关键就看是否能构建好一个满足要求的无尺度网络。
如果你的数据不满足分析要求,你采用WGCNA分析一下,也会出来一个结果,只有了解了WGCNA的分析基础和原理,才能知道分析出来的结果是否可靠。
WGCNA分析要求的样本量大于15个是指总样本量大于15个,而不是每组样本量都大于15个。但是你一个组才3个,也未免太少了。样本量的多少对于WGCNA分析的结果具有一定的影响,样本量越大,结果越可靠。所以你还是增加下样板数量吧。
一般建议每个组别的样本量都要大于15个
是指所有组的样本量都应该大于15个。也就是说,如果有两组样本,一组13例,一组3例,总共26例,但只有15个样本,那么这个样本量是不够的,需要增加更多的样本才能进行WGCNA分析。
WGCNA(Weighted Gene Co-expression Network Analysis)是一种用于基因共表达网络分析的方法。这种方法通常被用于研究大量基因间的相关性和相互作用。
关于样本量的问题,WGCNA官方教程建议样本数量至少为15个,但是这里的15个是指总样本数量,而不是每组的数量。这个建议主要是因为在样本数量较少的情况下,可能会由于统计噪声或者过拟合而导致结果不准确。
然而,这并不意味着只要总样本数大于15个就可以进行可靠的分析。对于每个组别的样本数量,也需要有足够的数量以提高统计的稳定性和可靠性。如果一个组的样本数量太少,即使总样本数达到了15个,也可能无法得出可信的结果。你的情况(一组13例,一组3例)可能就是这种情况,尽管总数超过了15例,但一个组只有3例,可能导致结果不稳定。
至于具体要求每个组的样本数至少多少,这可能会因具体的实验设计和目标而异,可能需要参考相似研究或者向有经验的专业人士寻求建议。如果审稿人认为样本量太少,可能需要重新考虑实验设计,或者提供更多的统计理由和证据来证明当前样本量是可以接受的。
引用chatgpt内容作答:
WGCNA(Weighted Gene Co-expression Network Analysis)是一种用于生物信息学分析的方法,用于研究基因表达数据中基因共表达网络的构建和模块识别。关于WGCNA所需的样本量,常见的建议是总样本量应大于15个,而不是每个组内的样本量。
WGCNA的基本原理是通过计算基因间的共表达关系,将具有相似表达模式的基因聚合到同一个模块中。总样本量的大小对于准确地捕获基因表达的变异和关联关系非常重要。通常,总样本量越大,WGCNA分析得到的结果越可靠和稳定。
在你的情况下,你的两个组分别有13个和3个样本。尽管总样本量为16,但是每个组内的样本量并不满足通常的建议。因此,按照一般标准,样本量较小的组(只有3个样本)可能被认为太少,可能会影响到WGCNA分析结果的可靠性。
然而,最终的决定还是要考虑具体实验设计、分析目的以及文献中的推荐。有时,即使样本量较小,仍然可以进行初步的探索性分析,但需要谨慎解释和限制结论的可靠性。
来自GPT的回答:
在WGCNA(Weighted Gene Co-expression Network Analysis)中,样本量的要求通常是指每个组(或条件)的样本量大于15个。这意味着每组的样本量应该独立满足大于15个的要求,而不是简单地将两个组的样本数相加。每个组内的样本数量越大,分析的可靠性和统计功效就越高。
虽然WGCNA没有固定的样本量要求,但较小的样本量可能会限制分析的可靠性和结果的解释性。一般来说,建议在进行WGCNA分析时,每个组至少应包含15个以上的样本,以确保结果的可靠性和稳定性。当样本量较小时,结果可能受到较大的随机性和偶然性影响。
对于你的情况,如果一组有13个样本,另一组有3个样本,总共16个样本,尽管总样本量大于15,但每个组的样本量并未达到建议的15个以上。这种情况下,你可能需要考虑增加样本数量,或者进行其他适当的数据处理和分析方法来弥补样本量较小可能带来的局限性。
最终的决策应该基于你的研究目的、数据的可靠性要求以及领域内的最佳实践。如果你有特定的实验设计或数据分析要求,建议咨询专业的生物信息学家、统计学家或领域专家,以获得更详细和个性化的建议。