我目前得到了合作网络矩阵的邻接矩阵,是307080*307080,想接着邻接矩阵的每一行为节点的特征然后再利用jaccard和Cosine方法计算相似度最后聚类,最后找出节点数量最多的前五类,但是程序我执行完显示数组太多无法进行,想知道这个代码该怎么处理才好?😭
% 定义邻接矩阵 Adj,假设已经得到一个 307080*307080 的邻接矩阵
% 计算 Jaccard 相似度矩阵
jaccard = pdist(Adj, 'jaccard');
similarity_matrix_jaccard = squareform(jaccard);
% 计算 Cosine 相似度矩阵
cosine = pdist(Adj, 'cosine');
similarity_matrix_cosine = squareform(cosine);
% 使用 K-means 聚类算法
k = 5; % 聚类数目
[idx_jaccard, ~] = kmeans(similarity_matrix_jaccard, k);
[idx_cosine, ~] = kmeans(similarity_matrix_cosine, k);
% 统计每个聚类的节点数量
count_jaccard = histcounts(idx_jaccard, k);
count_cosine = histcounts(idx_cosine, k);
% 找到节点数量最多的前五类
[~, top_classes_jaccard] = sort(count_jaccard, 'descend');
[~, top_classes_cosine] = sort(count_cosine, 'descend');
top_classes_jaccard = top_classes_jaccard(1:5);
top_classes_cosine = top_classes_cosine(1:5);
我可以给出一些建议来优化这段代码:
sparse
函数。Adj = sparse(Adj);
parfor
循环来并行计算。parfor i = 1:size(Adj, 1)
jaccard(i) = pdist(Adj(i, :), 'jaccard');
cosine(i) = pdist(Adj(i, :), 'cosine');
end
kmeans
函数,将'Start'
参数设置为'plus'
,使用K-Means++算法来选择初始质心。[idx_jaccard, ~] = kmeans(similarity_matrix_jaccard, k, 'Start', 'plus');
[idx_cosine, ~] = kmeans(similarity_matrix_cosine, k, 'Start', 'plus');
kmeans_sparsec
函数。该函数是MATLAB的一个开源工具包,它提供了针对稀疏矩阵的高效聚类算法。以上是一些建议,请根据你的具体情况选择适合的方法来优化代码。如果还有其他问题,请告诉我。