RNA-seq如何在细胞数目不同，处理方式不同情况下去比较不同组之间的差异基因表达量？
在细胞数目不同、处理方式不同的情况下，可以使用以下方法比较不同组之间的差异基因表达量：
标准化：首先，对每个样本进行RNA-seq数据的标准化，以消除细胞数目和处理方式的差异。常见的标准化方法包括RPKM（Reads Per Kilobase per Million mapped reads）和TPM（Transcripts Per Million）。
差异表达分析：使用差异表达分析方法（如DESeq2、edgeR等）来比较不同组之间的基因表达差异。这些方法可以考虑到样本间的技术重复性和生物学变异，并根据统计学方法确定哪些基因在不同组之间表达差异显著。
基因集富集分析：对于差异表达的基因集，可以进行基因集富集分析，以了解在不同组之间表达差异的功能注释。常见的基因集富集分析工具包括GO（Gene Ontology）分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）分析。
功能注释和生物网络分析：进一步对差异表达的基因进行功能注释和生物网络分析，以了解差异表达基因在细胞过程、信号通路等方面的功能和相互作用。
总之，通过标准化、差异表达分析、基因集富集分析以及功能注释和生物网络分析等方法，可以比较不同组之间的差异基因表达量，并获得有关基因功能和调控网络的信息。