蛋白的EV(expression variance,表达方差)以评估该蛋白的动态性

用于构建一个动态蛋白网络,其中蛋白的EV(expression variance,表达方差)如何计算?可以用R语言实现吗?

在蛋白质上,EV(Expression Variance,表达方差)是一个常用的指标,用于评估蛋白质表达或者折叠中的动态性。 EV 表达的是,在生物学中,蛋白质在细胞中的持续时间或者半衰期值,和它在不同环境下的表达及折叠状态。

EV 可以用来确定蛋白质或特定蛋白质的表达和空间结构在时间和空间上的变化,从而推断其可能的功能或作用。在人们研究肿瘤标志物、酶、药物靶点或者其他蛋白质方面,EV 的使用也相对较为常见。

EV 可以通过基因表达谱数据的统计学分析得出,这些数据可以来自于RNAseq、CAGE、Microarray等。提供EV值的网站有多个,如:Genevestigator、Proteinatlas、COEXPEDIA。 EV 的值为 0 时表示,蛋白质的表达在所有样本中是静态的,EV 值越高,则表示该蛋白质在不同细胞类型或状态下表达存在着较大的差异。 EV 的计算一般是基于一组已经调整的单元基因值,然后计算这些基因在不同样本中的表达动态性,具体的计算方式依赖于所采用的特定分析工具和算法。