RDKit计算化学结构的相似性

问题:

请帮我检查以下代码，我正在使用RDKit计算化学结构的相似性，但无法运算。 我只有一个化学结构的SDF文件。我不确定如何添加第二个化学结构文件。我想知道如何修改代码来添加第二个文件，并获得更好的相似性计算结果。 我使用的是Python 3.7和RDKit 2019.03.4。

以下是参考资料:

RDKit是一个用于化学结构计算的Python模块，可用于创建，表示和处理化学结构。

1.对于“这个代码”，请将实际代码或代码片段添加到问题中，以便更好地理解您的问题。

2.请提供更多关于无法运算的信息，例如错误消息或任何警告消息。

3.您是如何定义和计算化学结构相似性的？请提供更多详细信息，例如您使用的指标和方法。

4.如果您需要添加第二个化学结构文件进行运算，请说明如何添加，并希望获得哪些特定的意见或建议。

5.您是否可以提供更多关于您的工作环境（例如， 操作系统、Python版本、RDKit版本等）的信息？

解答：

1.很遗憾，您没有提供任何代码或参考资料，因此无法确定您目前的问题所在。

2.同样地，由于缺乏代码和数据，无法确定存在哪些具体问题。

3.在RDKit中，可以使用分子指纹和相似度指标来定义和计算化学结构相似性。

在指纹之间比较相似性时，可以使用Tanimoto系数作为相似度指标。Tanimoto系数是指在两个分子之间公共特征比例的比值，即重叠特征数除以特征的总数。在RDKit中，可以使用Morgan指纹来生成分子指纹。

适用场景:

1. 分子库筛选

2. 异构体判别

3. 分子结构敏感性分析

示例代码：

from rdkit import Chem

# 读取SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier('file1.sdf')

# 生成Morgan指纹
fp_morgan = [Chem.GetMorganFingerprintAsBitVect(m, 2, nBits=1024) for m in suppl]

# 计算相似度
from rdkit import DataStructs

similarity = DataStructs.TanimotoSimilarity(fp_morgan[0], fp_morgan[1])

4.要添加第二个文件，您可以使用SDMolSupplier类创建第二个供应对象，类似于上面的代码。关于添加第二个文件后如何进行相似性计算，还需要详细了解您的具体流程和需求。您可以将您的代码和数据添加到问题描述中，以便更好地了解您面临的问题和需要解决的问题。

5.根据您提供的信息，您的操作系统是未知的，Python版本是3.7，RDKit版本是2019.03.4。如果您的问题没有得到解决，建议提供更多细节信息来帮助回答您的问题。