关于scenic分析初始化设置报错

scenic初始化设置中报错，提示database文件里不存在features这一列，但是database文件都是从官网下载的，也试过重新下载，但是依旧无法解决，请大家帮忙分析一下是哪里出了问题以及如何解决，谢谢！

img

你把features换成motifs试试

这个问题可能是因为Scenic模块的配置文件中features参数指定的列名不存在或者格式不正确，导致无法加载数据库文件中的数据。

首先，您可以确认一下您所使用的Scenic模块的版本，以及下载的数据库文件的版本是否匹配。可以在Scenic模块官方网站上找到相关的文档和声明，以确定是否存在这种情况。另外，您还可以尝试重新下载相关的数据库文件，确保文件完整且没有损坏。

如果以上方法无效，您可以尝试手动修改Scenic模块的配置文件，以指定正确的features列名。具体操作步骤如下：

  1. 打开Scenic模块的配置文件（通常命名为config.yml）。

  2. 在文件中找到features参数所在的行，查看其值所对应的数据库文件中的列名是否正确。如果列名不是features, 可以按照实际情况进行修改。

举例来说，如果在创造一个数据库的时候，features 并不是默认的列名，而是叫做 feature_names，则在 Scenic 的配置文件 config.yml 中，应该将 features 参数设置为 feature_names。

samples_database:
    file: ../data/example_database.h5
    samples_name: samples
    features: feature_names # 将 features 参数修改为 feature_names
  1. 修改完成后，保存配置文件，并重启Scenic模块。如果一切顺利，Scenic读取数据库文件时应该不再报错。

希望这些信息对您有所帮助。

这个问题可能是由于数据库文件没有正确加载导致的。您可以尝试重新下载数据库文件，然后确保将其正确加载到程序中。另外，您也可以尝试查看数据库文件中是否存在features这一列。

请尝试按照以下步骤解决问题：

确保您已经正确下载了所需的数据库文件，并将其保存在正确的路径下。您可以检查mydbDIR变量的值，确保它指向正确的路径。

确保您正确设置了数据库名称和路径。您可以检查mydbs变量的值，确保它们与数据库文件的实际名称和路径相匹配。

检查数据库文件中是否存在features这一列。您可以使用文件编辑器打开数据库文件，查看文件中的列名和内容。如果您发现文件中确实不存在features这一列，您需要更改代码以使用文件中的其他列作为特征索引。

确保您的代码正确使用了dplyr包中的函数。您可以查看错误消息中提到的dplyr::pull()函数，确保它正确使用了现有的列名。

如果上述步骤都没有解决问题，您可以尝试使用其他工具或方法来解决该问题。例如，您可以尝试使用其他R包或工具来加载和处理数据库文件，或者向相关的技术社区或论坛寻求帮助。

跟着重新操作
https://www.yoojia.com/ask/7-11452557831154630964.html

检查一下名称、参数是否正确，同时打开database文件看看，检查数据是否正确

根据报错信息,错误提示是因为数据库文件“database.sql”中缺少“features”这一列。

为了解决这个问题,可以尝试以下步骤:

  1. 确认数据库文件路径和名称是否正确。可以查看官网下载的文档,确认文件名称和路径是否正确。

  2. 确认“database.sql”文件是否已经下载完整。有时候文件下载不完整也会导致报错。可以重新下载文件并确认是否已完整下载。

  3. 尝试用其他数据库软件进行初始化,确认是否因为软件版本不兼容或其他问题导致报错。

  4. 如果以上步骤都没有解决问题,可以尝试与官网客服联系,获取更具体的解决方案。

最后,建议仔细检查报错信息,确认问题出在哪里。