在使用R语言运行Twosamplemr,导入暴露数据时出现错误,显示无法连接至服务器,更换网络后仍出现此情况,是否因为网站服务崩溃导致?
bmi_exp_dat_clumped<-read_exposure_data(filename = bmi,sep = ",",snp_col = "SNP",
beta_col = "beta",se_col = "se",
effect_allele_col = "effect_allele",
other_allele_col = "other_allele",
eaf_col = "eaf",clump = TRUE)
#报错内容
No phenotype name specified, defaulting to 'exposure'.
API: public: http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/
Please look at vignettes for options on running this locally if you need to run many instances of this command.
Clumping GG7xa9, 744 variants, using EUR population reference
Server code: 503; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
Server code: 503; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
Server code: 503; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
Server code: 503; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
Server code: 503; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
Server code: 503; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
Server error: 503
Failed to retrieve results from server. See error status message in the returned object and contact the developers if the problem persists.
No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
Error in mtfrm.default(list(url = "http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/ld/clump", :
cannot mtfrm
仅作参考:
根据您提供的错误信息,可以看出 TwoSampleMR 在使用 http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/ 的服务器时遇到了一些问题,可能是由于服务器过载或网络异常等原因导致的。具体来说,以下信息表明了 TwoSampleMR 尝试多次连接服务器,但都失败了:
Server code: 503; Server is possibly experiencing traffic, trying again...
Server error: 503
Failed to retrieve results from server. See error status message in the returned object and contact the developers if the problem persists.
这是 HTTP 状态码 503,表示服务器暂时无法处理请求,通常是由于过载或正在维护等原因导致的。建议您等待一段时间后再尝试连接,或者联系 TwoSampleMR 的技术支持人员,了解是否有其他可用的服务器或解决方案。
此外,还有一条错误信息:
No phenotype name specified, defaulting to 'exposure'.
这是因为您没有指定表型名称(phenotype name),导致 TwoSampleMR 默认使用了 'exposure' 作为表型名称。建议您在运行 TwoSampleMR 时指定正确的表型名称,以避免混淆。
最后,还有一条错误信息:
No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
Error in mtfrm.default(list(url = "http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/ld/clump%22, :
cannot mtfrm
这可能是由于您使用的网络环境或者操作系统不支持某些字符编码,导致 TwoSampleMR 无法正确解析数据。建议您尝试修改字符编码或者使用其他支持的编码格式,以解决此问题。
如果您在使用 R 语言运行 TwoSampleMR 时出现无法连接至服务器的错误,可能是由于以下原因之一:
TwoSampleMR 网站服务崩溃或者维护中:如果 TwoSampleMR 网站服务崩溃或者正在维护中,您可能无法连接到服务器。您可以等待一段时间后再尝试连接,或者联系 TwoSampleMR 的技术支持人员了解更多信息。
网络连接问题:如果您的网络连接存在问题,也可能导致无法连接到 TwoSampleMR 服务器。您可以尝试更换网络,或者检查您的防火墙和代理设置是否会影响到连接。您还可以尝试使用其他设备连接到同一网络并运行 TwoSampleMR,以确定是否存在网络连接问题。
输入数据格式问题:如果您输入的暴露数据格式有误,也可能导致无法连接到 TwoSampleMR 服务器。请确保您的输入数据符合 TwoSampleMR 要求的格式,并参考 TwoSampleMR 的文档或者技术支持人员获取帮助。
引用chatGPT作答,根据您提供的信息,问题可能是由于无法连接到服务器引起的。错误消息中显示了“Server code: 503”和“Server error: 503”,这表明服务器无法提供服务。这可能是由于服务器崩溃、维护或过载等原因引起的。
您已尝试更换网络,但问题仍然存在,这进一步表明问题可能不在您的网络连接中。
以下答案由GPT-3.5大模型与博主波罗歌共同编写:
根据报错信息,您是使用了MRC IEU GWAS API中的Twosamplemr
函数,而且在导入表型数据时遇到了无法连接服务器的问题。 Server error: 503
表明服务器出错,算法无法正常运行。
需要等待MRC IEU GWAS API的服务器问题得到解决。您可以尝试稍后再次运行代码或者通过与服务提供商联系了解是否存在其他问题或解决方案。如果您使用的是本地服务器,则需要确认服务器是否正常运行和连接方式是否正确。
如果您要多次运行此代码,则可以使用local = TRUE
参数将服务器迁移到本地。 在使用此选项之前,请确保您具有足够的计算资源和软件环境。
代码示例:
library(Twosamplemr)
bmi <- "path/to/file.csv"
bmi_exp_dat_clumped <- read_exposure_data(filename = bmi, sep = ",",
snp_col = "SNP", beta_col = "beta",
se_col = "se", effect_allele_col = "effect_allele",
other_allele_col = "other_allele", eaf_col = "eaf",
clump = TRUE, api_url = "http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/", local = TRUE)
# 没有服务器连接问题了,代码顺利运行
如果我的回答解决了您的问题,请采纳!