Please, make sure psfgen is installed and in your PATH.
See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
That is necessary in order to run this script.
Make sure the above program(s) are installed and that they are in your PATH.
echo $PATH
cd /path/to/download/folder
tar xvzf psfgen.tar.gz
cd psfgen
./configure
make
export PATH="$PATH:/path/to/psfgen/folder"
source ~/.bashrc
引用chatGPT作答,要将 psfgen 添加到您的 PATH 中,请按照以下步骤操作:
1.找到 psfgen 安装的目录。这通常是主 NAMD 安装目录的子目录。
2.复制 psfgen 可执行文件的完整路径。
3.打开您的 shell 配置文件。这通常是 Linux/Unix 系统中的 .bashrc 或 .bash_profile,或 Windows 系统中的环境变量。
4.将以下行添加到文件末尾,将“/path/to/psfgen”替换为您在第2步中复制的完整路径:
export PATH=$PATH:/path/to/psfgen
5.保存文件并关闭。
6.运行以下命令刷新 shell 环境:
source ~/.bashrc(或 source ~/.bash_profile)
7.运行以下命令测试 psfgen 是否已添加到 PATH 中:
psfgen -h
这应该会显示 psfgen 的帮助消息,表示已安装并在您的 PATH 中。
完成这些步骤后,您应该能够运行 cellulose builder 脚本,而不会遇到 psfgen 不在 PATH 中的错误消息。
以下内容部分参考ChatGPT模型:
您可以将psfgen添加到您的PATH中,以便您可以在任何目录下运行它。您可以使用以下命令将psfgen添加到PATH中:
export PATH=$PATH:/path/to/psfgen
其中/path/to/psfgen是psfgen所在的路径。如果您经常使用psfgen,您可以将此命令添加到您的.bashrc文件中,这样每次打开终端时都会自动添加psfgen到PATH中。
如果我的建议对您有帮助、请点击采纳、祝您生活愉快
该回答通过自己思路及引用到GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ搜索,得到内容具体如下。
要将psfgen添加到您的PATH中,可以按照以下步骤进行操作:
找到psfgen可执行文件在您的系统上的位置。这通常在NAMD安装目录中。
打开终端或命令提示符,并输入以下命令:
export PATH=$PATH:/path/to/psfgen
将“/path/to/psfgen”替换为实际的psfgen可执行文件路径。
此命令将psfgen目录添加到您的PATH环境变量中,允许您从终端或命令提示符中的任何目录运行psfgen。
要确认psfgen已添加到您的PATH中,请输入以下命令:
which psfgen
这应该返回psfgen可执行文件的路径。
您还可以将上述命令添加到您的shell配置文件(例如/.bashrc或/.zshrc),以便每次打开新的终端或命令提示符时将psfgen目录添加到您的PATH中。
echo 'export PATH=$PATH:/path/to/psfgen' >> ~/.bashrc
将“/path/to/psfgen”替换为实际的psfgen可执行文件路径。
添加此行后,您需要打开一个新的终端或运行以下命令才能将更改应用于当前终端:
source ~/.bashrc
如果以上回答对您有所帮助,点击一下采纳该答案~谢谢
The above is correct for the path to the program(s) to run and the plugins to run. It is also necessary to add a reference to the plugins to run this script. However, please be aware that doing so will add a delay in the execution of the script as the plugins must be downloaded and installed.以下答案由GPT-3.5大模型与博主波罗歌共同编写:
要将psfgen添加到您的路径中,可以按照以下步骤操作:
打开终端或命令提示符(如果您使用的是Windows)。
输入以下命令将您的psfgen安装路径添加到系统的PATH环境变量中:
export PATH=/path/to/psfgen:$PATH
请将/path/to/psfgen
替换为您自己的psfgen安装路径。
.bashrc
文件(Linux / Mac)或.bash_profile
文件(Mac)中添加以下行:export PATH=/path/to/psfgen:$PATH
同样,将/path/to/psfgen
替换为您自己的psfgen安装路径。
以下是一个例子,展示了如何将psfgen添加到系统的PATH环境变量中,以及如何在.bashrc
文件(Linux / Mac)中进行持久化:
# 添加psfgen到系统的PATH环境变量中
export PATH=/path/to/psfgen:$PATH
# 在每次登录时自动将psfgen添加到系统的PATH环境变量中
echo 'export PATH=/path/to/psfgen:$PATH' >> ~/.bashrc
请注意,上述命令中的波浪号(~
)代表您的用户目录。如果您将psfgen安装在非标准位置,请相应地更改路径。
使用以上方法将psfgen添加到您的PATH环境变量后,您就可以在任意目录中运行psfgen命令,而无需提供完整的路径。
最后,如果您想要检查psfgen是否正确安装且可供使用,可以在终端或命令提示符中输入以下命令:
psfgen -help
如果一切正常,您应该能够看到psfgen的帮助信息。
如果我的回答解决了您的问题,请采纳!