deeptools 报错

在使用deeptools bamcoverage的把 bam转成 bigwig的时候出现了。 ###### 问题遇到的现象和发生背景 is not case-sensitive sorted at line 163. Please use "sort -k1,1 -k2,2n" with LC_COLLATE=C, or bedSort and try again. 麻烦问下怎么解决。 谢谢

这个问题通常是由于BAM文件没有被正确地排序引起的。bamCoverage需要输入以字典序排序的BAM文件进行工作。您可以使用samtools sort命令将BAM文件排序为正确的顺序。下面是解决方法：

1. 确认您是否已经安装了samtools。
   可以在终端中输入指令samtools --version来检查您是否已经安装了samtools。

2. 使用samtools将BAM文件排序
   在终端中输入以下指令，将BAM文件排序为正确顺序，并输出到一个新的BAM文件中：

   samtools sort -@ <threads> -T <temp_prefix> -o <output.bam> -O bam -n <input.bam>
   

   - 使用的线程数
   - 用于存储临时文件的前缀名称
   <output.bam> - 排序后的BAM文件名称
   <input.bam> - 原始的BAM文件名称

   例如，如果使用4个线程，则可以使用以下指令：

   samtools sort -@ 4 -T temp_prefix -o sorted.bam -O bam -n input.bam
   

3. 使用bamCoverage处理排序后的BAM文件
   在终端中输入以下指令，将排序后的BAM文件转换为bigWig文件：

   bamCoverage -b <sorted.bam> -o <output.bw>
   

   <sorted.bam> - 排序后的BAM文件名称
   <output.bw> - bigWig文件输出路径和名称

   例如，如果输出文件名为output.bw，则可以使用以下指令：

   bamCoverage -b sorted.bam -o output.bw
   

希望这些指令可以帮助您解决问题。