rifdock安装问题: "Linking CXX shared library libriflib.so"

我在服务器编译rifdock（rosetta_src_2018.09.60072_bundle，gcc6.5.0/8.3.0都是同样的报错）的时候，好像是boost的问题（库没有安装全？），有这样的报错，怎么都搞不好

/usr/bin/ld: cannot find -lbasic
/usr/bin/ld: cannot find -lcifparse
/usr/bin/ld: cannot find -lcore.1
/usr/bin/ld: cannot find -lcore.2
/usr/bin/ld: cannot find -lcore.3
/usr/bin/ld: cannot find -lcore.4
/usr/bin/ld: cannot find -lcore.5
/usr/bin/ld: cannot find -lcppdb
/usr/bin/ld: cannot find -ldevel
/usr/bin/ld: cannot find -llibxml2
/usr/bin/ld: cannot find -lnumeric
/usr/bin/ld: cannot find -lObjexxFCL
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols.1
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols.3
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols.4
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols.7
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols.8
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_a.2
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_a.5
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_a.6
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_b.2
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_b.5
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_b.6
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_c.5
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_c.6
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_d.5
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_d.6
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_e.5
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_e.6
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_f.5
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_g.5
/usr/bin/ld: cannot find -lprotocols_h.5
/usr/bin/ld: cannot find -lutility
collect2: error：ld return 1
make[3]: *** [apps/rosetta/riflib/CMakeFiles/riflib.dir/build.make:669：apps/rosetta/riflib/libriflib.so] error 1
make[2]: *** [CMakeFiles/Makefile2:833：apps/rosetta/riflib/CMakeFiles/riflib.dir/all] error 2
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:581：apps/rosetta/CMakeFiles/rif_dock_test.dir/rule] error 2
make: *** [Makefile:294：rif_dock_test] error 2

参考GPT和自己的思路：

根据报错信息，可以看出是缺少了一些链接库文件，其中的"-lbasic"、"-lcifparse"、"-lcppdb"等等都是一些第三方库，可能需要手动安装它们才能够成功编译rifdock。

可以尝试通过以下命令来安装这些库文件：

sudo apt-get install libbasic-dev libcifparse-dev libcppdb-dev libxml2-dev libboost-all-dev

如果仍然无法解决问题，可以考虑将这些库文件手动添加到系统路径中。具体操作可以参考下面的步骤：

找到缺少的库文件，比如"-lbasic"，可以使用以下命令查找：

find / -name libbasic.so*

将查找到的库文件路径添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中，比如：

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/libbasic/

重复以上步骤，将所有缺少的库文件都添加到LD_LIBRARY_PATH中。
重新编译rifdock，看是否可以成功链接所有库文件。

希望以上方法能够帮助你解决问题。如果仍然遇到困难，可以提供更多的上下文信息，让我更好地帮助你。

参考GPT和自己的思路，这个错误信息表明编译器无法找到一些库文件（例如 -lbasic, -lcifparse, -lcore 等），导致链接失败。这可能是由于编译器无法找到这些库文件的位置而引起的。

您可以尝试以下几个步骤来解决这个问题：

1.检查库文件是否已经正确安装。您需要确保这些库文件已经正确地安装在系统中，并且可以被编译器找到。如果您没有安装这些库文件，您可以尝试安装它们，然后重新运行编译器。

2.确保库文件的路径正确。如果这些库文件已经安装在您的系统中，但编译器仍然找不到它们，请检查您的系统库路径是否正确设置。您可以使用命令“ldconfig -v”查看系统库路径。

3.确认您的编译器版本是否与库文件兼容。如果您的编译器版本与库文件不兼容，也会导致链接错误。请尝试使用与库文件兼容的编译器版本。

4.在编译时手动指定库文件路径。如果您已经确定库文件已经正确安装并且路径正确，但编译器仍然无法找到它们，请尝试在编译时手动指定库文件路径。例如，您可以使用-L选项来指定库文件的路径。

希望这些步骤可以帮助您解决问题。

参考GPT和自己的思路：
首先确保你已经正确安装了所有依赖项。对于 Rosetta，你需要安装以下依赖项：

CMake（版本 2.8 或更高）
Python（版本 2.6 或更高，但不是 3.x）
Boost（1.55 或更高）
GCC（建议使用 4.8 或更高版本）
确保你已经设置了正确的环境变量。你需要设置 LD_LIBRARY_PATH，以便编译器能够找到这些库文件。将以下行添加到 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件中，然后重新加载文件（使用 source ~/.bashrc 或 source ~/.bash_profile）：

export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/boost/lib:$LD_LIBRARY_PATH

将 /path/to/boost/lib 替换为你的 Boost 库文件实际安装位置
在开始编译之前，请确保运行 ./scons.py 或者 ./scons.py -jN（N 是你的 CPU 核心数量）。这将为你的系统构建 Rosetta。
如果问题仍然存在，请尝试使用以下命令清除之前的构建并重新构建：

./scons.py clean
./scons.py -jN

按照这些步骤操作后，你应该能够成功编译 Rosetta。如果问题仍然存在，请确保检查依赖项和环境变量是否正确设置。

参考GPT和自己的思路：

从这个错误打印信息来看，这似乎是由于缺少依赖库而导致无法编译 rifdock。这里有一些可能的解决方案：

确保您按照正确的顺序编译所有必需的库和软件包。建议您参考 rosetta 的安装文档，了解构建和安装的详细过程。
确认 boost 库是否已正确安装。如果 boost 库未正确安装，则可能无法正常链接所需的库。建议您检查 boost 库的安装路径，并确保在 PATH 和 LD_LIBRARY_PATH 环境变量中设置正确的路径。
如果您已经安装了所有必需的库，则可能需要更新您的链接器路径。可以通过在 CMakeLists.txt 或 Makefile 中设置正确的链接器路径来解决此问题。
检查您的系统是否已经正确配置，并且库可在其默认路径中找到。如果库不在默认路径中，则需要配置 LD_LIBRARY_PATH 环境变量以正确设置库路径。

希望这些解决方案可以帮助您解决问题。如果仍然存在问题，请提供更多详细信息，我们会尽力为您提供帮助。

检查下你的boost库安装到哪里了，你的当前工程没有找到，所以你先找到你的boost库安装位置，（如果你不确定安装到哪里，你可以重新装一次，或者通过

find  / -name "*basic*" 


```查找库安装的路径）
  然后通过

```bash
export LD_LIBRARY_PATH=boost库的安装路径:$LD_LIBRARY_PATH

来引入环境变量，这样你的工程就能从这里找到你的boost链接库了

该回答引用GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ
这个错误是因为链接器（ld）无法找到必要的库文件。最好检查一下您的系统中是否有缺失的库文件。

首先，确定您是否正确安装了boost库，以及它们是否可用于您的编译。

如果您已经安装了boost库，并且仍然遇到问题，请确保在编译rifdock之前将所有必需的库文件和路径添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中。例如：

export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/libbasic:/path/to/lcifparse:/path/to/libcore.1:...

另外，检查一下CMakeLists.txt文件中的链接库设置是否正确。您可以尝试使用find_library命令在CMakeLists.txt文件中手动指定链接库的路径。例如：

find_library(BASIC_LIB basic PATHS /path/to/basic/lib)
target_link_libraries(riflib ${BASIC_LIB})

这应该会帮助您解决问题。如果问题仍然存在，请提供更多详细信息，例如完整的编译日志以及您的系统信息，以便我们更好地了解您的问题。

参考GPT和自己的思路：这个错误提示看起来是编译riflib.so库时链接到的一些库文件找不到，其中包括了boost库中的一些库文件。建议先检查boost库是否已经正确安装，并且路径是否正确设置。你可以尝试在命令行中输入以下命令，看是否能够找到boost库：

ls /usr/lib/libboost*

如果boost库没有安装，可以参考以下命令安装：

sudo apt-get update
sudo apt-get install libboost-all-dev

如果boost库已经安装，并且路径正确设置，那么可以检查一下是不是缺少了一些其他的库文件，可以用以下命令查找：

sudo find / -name "libbasic.so" -print

根据错误提示，你可以一个一个地查找缺少的库文件，然后确认路径是否正确设置，并且确认这些库文件是否已经正确安装。

该回答引用ChatGPT

如有疑问，可以回复我！

从你的报错信息来看，问题主要是因为编译过程中找不到一些依赖库。以下是一些建议来解决这个问题：

1、确保你已经正确地安装了所有必需的依赖库。在这种情况下，你需要检查是否正确安装了boost库。你可以通过以下命令来检查：

sudo apt-get install libboost-all-dev

如果你使用的是其他Linux发行版，可以根据相应的包管理器进行安装。

2、在编译过程中，确保指定了正确的库路径。根据你的错误信息，编译器无法找到一些库文件。这可能是因为这些库文件不在默认的库搜索路径中。你可以通过以下方法来指定库搜索路径：
在执行cmake命令时，添加如下参数：

-DCMAKE_LIBRARY_PATH=/path/to/your/libraries

将/path/to/your/libraries替换为实际的库文件路径。

3、可以尝试从Rosetta的GitHub仓库克隆最新版本的代码，因为旧版本可能存在一些已知问题。执行以下命令来克隆仓库：

git clone https://github.com/RosettaCommons/Rosetta.git

然后根据官方文档安装必要的依赖库，并按照安装说明进行编译。

这些错误提示表明编译器无法找到所需的库文件，具体来说是一些Rosetta和Boost库。你可以尝试以下方法来解决这个问题：

确认你已经正确地安装了Boost库。如果你没有安装Boost库或者安装的不正确，你需要先安装或重新安装Boost库。

如果你已经安装了Boost库，可以尝试更新库路径以便编译器能够正确地找到它们。可以尝试在编译rifdock之前，使用export命令将库路径添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中，例如：

export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/boost/lib:$LD_LIBRARY_PATH

注意将/path/to/boost/lib替换为你Boost库的实际路径。

确认你已经正确地安装了Rosetta库。如果你没有安装Rosetta库或者安装的不正确，你需要先安装或重新安装Rosetta库。

如果你已经安装了Rosetta库，可以尝试更新库路径以便编译器能够正确地找到它们。可以尝试在编译rifdock之前，使用export命令将库路径添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中，例如：

export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/rosetta/lib:$LD_LIBRARY_PATH

注意将/path/to/rosetta/lib替换为你Rosetta库的实际路径。

最后，如果以上方法都无效，可以尝试手动设置库路径。打开Makefile文件并搜索LDLIBS关键字。在LDLIBS选项中，添加正确的库路径。例如：

LDLIBS += -L/path/to/boost/lib -lboost_program_options -L/path/to/rosetta/lib -lcore -lprotocols -lutility

注意将/path/to/boost/lib和/path/to/rosetta/lib替换为你Boost库和Rosetta库的实际路径，以及-lcore，-lprotocols和-lutility这些Rosetta库的实际名称。