请问有人用过Primerseq软件吗？想请教一下问题，主要是关于用这个软件进行可变剪接相关事件的RT-PCR引物设计。
1、用的参考基因组是hg38.fa和hg38.gif，但是会有一些基因显示不在注释文件中，从而没办法设计引物。
2、产物长度不一致。在提供的引物信息中，有的基因缺少skipping product.size或lnc.product.size的信息。另外，如基因A，设计出来的lnc.product.size为141bp，但去UCSC官网进行In-Silico PCR时，产物长度为3018bp。
3、在Primerseq 进行In-Silico PCR时，选择类型中选择UCSC gene，匹配不到hg38，而选择genome则显示没有匹配的序列。直接去USCC（选择genome），有的可以匹配到，但会出现问题2。
十分感谢各位！
这个涉及到数据预处理和清洗的问题，需要先整理原始数据