想请教一下各位
用gromacs软件对手性药物小分子和手性拆分剂做动力学模拟时
手性药物分子有一对对映异构体，两个分子如放在一起建模，可以得到拓扑文件吗？如果不能，该如何建模？
另外做手性药物模拟，步骤是否能跟着gromacs官网蛋白质模拟的标准步骤走？如果不能，有哪些地方不一样，需要注意？
求解，谢谢！
该回答引用GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ
针对你的问题，我来回答一下：
对于手性药物小分子和手性拆分剂的动力学模拟，建议分别建模，然后进行模拟。如果将两个手性药物分子的不同异构体放在一起建模，会导致生成的拓扑文件有问题，无法进行模拟。
建模时需要考虑手性中心的位置和手性异构体的编号，可以参考一些相关文献，比如文章中的SMILES字符串，来确定手性中心的位置和编号。
关于手性药物模拟的步骤，可以参照Gromacs官网上的蛋白质模拟标准步骤进行。但是，手性药物的模拟需要特别注意一些地方，比如手性异构体之间的相互作用等。建议结合相关文献和实验数据，综合考虑设计合适的模拟方案。
希望能帮到你，如有不明白的地方欢迎继续提问。
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