KEGG分析报错 no gene can be mapped

#kegg 分析
近日KEGG分析过程中提取ENTREZID后进行kegg分析频繁报错显示No gene can be mapped，采用github上的方法更新了clusterProfiler也没解决，请问大家有什么好办法吗

https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/549

gene <- filter(temp_1,
               abs(log2FoldChange)>=2&pvalue<=0.05) %>%
  pull(ENTREZID)

kegg_result<- enrichKEGG(gene = gene,
                  organism = "hsa",
                  keyType = "kegg")

Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway"...
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/list/pathway"...
preparing geneSet collections...
--> Expected input gene ID: 
Error in check_gene_id(geneList, geneSets) : 
  --> No gene can be mapped...

我也是一样的，请问楼主解决了吗o(╥﹏╥)o

我昨天跑也是这样，前几天还没问题的

我也遇到了一样的问题，上周还能正常跑。实在没办法只能先将KEGG数据下载做成KEGG.db包（有现成的R包用来做KEGG.db），用本地的KEGG数据就能跑了。
参考(https://blog.csdn.net/weixin_39895481/article/details/112174000 )从后面看起

我也出现这个问题，头大。请问找到解决方法了吗？

目前好像官方修复了问题，可以使用了

--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL...
还是有问题，呜呜有好的解决办法吗

应该是R版本问题。我跑同样的小鼠kegg代码，检查了输入基因没有问题。在我自己R 4.1.3电脑上，会报错提示输入基因不对，没有比对上的基因，。而在我同学R 4.2.2电脑上没有问题，可以成功运行。所以大概是R的问题吧😂

兄弟姐妹们，我解决啦！就更新一下R的版本，我更新了R就能跑了，跟楼上一位说的一样

你好，请问现在解决了吗？

该回答引用GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ
这个错误一般是由于输入的基因集在KEGG数据库中无法找到匹配的基因所引起的。你可以尝试以下几种方法：

  1. 检查输入的基因ID是否与所选的organism一致。例如，在这个例子中，您使用organism = "hsa"代表人类。如果您的输入基因ID来自其他物种，例如小鼠或大鼠，那么在KEGG数据库中就无法找到匹配的基因。

  2. 检查您的基因ID是否为最新版本。KEGG数据库可能需要更新，您的基因ID可能已经过时。您可以尝试使用最新的基因ID或尝试使用其他数据库（如NCBI或Ensembl）来获得最新的基因ID。

  3. 如果以上两种方法都无效，您可以尝试使用基因符号而不是基因ID。这样可以避免基因ID过时或与数据库中基因ID不匹配的问题。您可以使用例如biomaRt R软件包从NCBI或Ensembl获取基因符号。

希望这些方法能够解决您的问题。