(base) [root@centos7-02-66b664b9d9-7z986 shujuku]# kraken2-build --build --threads 15 --db kraken --fast-build
Creating sequence ID to taxonomy ID map (step 1)...
Sequence ID to taxonomy ID map complete. [0.325s]
Estimating required capacity (step 2)...
Estimated hash table requirement: 68276765256 bytes
Capacity estimation complete. [38m56.055s]
Building database files (step 3)...
Taxonomy parsed and converted.
xargs: cat: terminated by signal 13
/root/miniconda3/libexec/build_kraken2_db.sh: line 143: 26553 Done list_sequence_files
26554 Exit 125 | xargs -0 cat
26555 Killed | build_db -k $KRAKEN2_KMER_LEN -l $KRAKEN2_MINIMIZER_LEN -S $KRAKEN2_SEED_TEMPLATE $KRAKEN2XFLAG -H hash.k2d.tmp -t taxo.k2d.tmp -o opts.k2d.tmp -n taxonomy/ -m $seqid2taxid_map_file -c $required_capacity -p $KRAKEN2_THREAD_CT $max_db_flag -B $KRAKEN2_BLOCK_SIZE -b $KRAKEN2_SUBBLOCK_SIZE -r $KRAKEN2_MIN_TAXID_BITS $fast_build_flag
错误信息中包含了以下内容:
xargs: cat: terminated by signal 13
build_kraken2_db.sh: line 143: 26553 Done list_sequence_files
26554 Exit 125 | xargs -0 cat
26555 Killed | build_db
这些错误信息可能指示了一些问题,但需要更多的信息才能确定具体的原因。建议您检查以下几点:
如果问题仍然存在,您可以尝试使用更详细的日志输出来获得更多信息。可以在命令行中添加--debug参数以获得更详细的输出,以帮助您确定具体的问题所在。
你创建的步骤是
kraken2在执行第三步时出现了问题,具体来说是在构建哈希表时的某个步骤出错了
可以尝试下面的的几个办法解决:
检查kraken2-build的输入参数是否正确。例如,检查文件路径、文件名、文件格式等是否正确。
检查系统资源是否足够,例如,检查磁盘空间、内存、CPU等是否满足kraken2-build的需求。
检查输入文件是否正确。例如,检查FASTA文件的格式、质量等是否正确。
尝试使用不同的参数或者方法来构建数据库。例如,使用不同的k-mer长度、minimizer长度、seed模板等。