lammps-in文件

在lammps书写in文件的过程中,有哪个命令可以表达粒子穿过十次模拟盒子,还是说并没有?需要通过其他方法去表达出来。

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LAMMPS中并没有直接的命令可以表达粒子穿过模拟盒子的次数。不过可以通过其他方式来实现这个功能,例如使用自定义的fix来记录每个粒子穿过模拟盒子的次数。下面是一种实现方式:

  • 定义一个新的fix,例如"fix pass_box_count all ave/time 1 10 10 c_pass_box"
fix pass_box_count all ave/time 1 10 10 c_pass_box
  • 定义一个新的compute,用于计算每个粒子穿过模拟盒子的次数。这里假设模拟盒子的边界是xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi。
compute pass_box all property/atom x y z
variable pass_box equal 0
label loop
variable i atom
variable x atom
variable y atom
variable z atom
if {${x} < xlo} then "variable pass_box add 1" 
if {${x} > xhi} then "variable pass_box add 1"
if {${y} < ylo} then "variable pass_box add 1"
if {${y} > yhi} then "variable pass_box add 1"
if {${z} < zlo} then "variable pass_box add 1"
if {${z} > zhi} then "variable pass_box add 1"
next i
jump SELF loop
  • 使用fix ave/time命令来计算每个时间步长内通过模拟盒子的粒子数量的平均值,并将其保存到c_pass_box中。
fix pass_box_count all ave/time 1 10 10 c_pass_box

这样,c_pass_box中保存的就是每个时间步长内通过模拟盒子的粒子数量的平均值,也就是通过模拟盒子的次数。通过这个方式,可以监控每个粒子通过模拟盒子的次数,并根据需要进行相关的处理。

不知道你这个问题是否已经解决, 如果还没有解决的话:
  • 这篇博客: Lammps计算纳米压痕—包含全部In文件中的 三、模拟细节-Lammps In文件—模型构建 部分也许能够解决你的问题, 你可以仔细阅读以下内容或者直接跳转源博客中阅读:
    ###############################################################
    ###         输入文件intial.in                                ###
    ###         建模时需要将基体材料分为牛顿层、恒温层、固定层       ###
    #############################################################
    #---------------------------------------全局设置-------------------------
    dimension	    3
    units		    metal 
    boundary	    p p f
    atom_style	    atomic
    ########################################################################
    #---------------------------------------建模----------------------------
    variable        a equal 3.615   #晶格常数值
    variable        lx equal 220    #盒子           
    variable        ly equal 220    #三个方向 
    variable        lz equal 400    #大小
    
    ###创建盒子
    lattice	        fcc $a orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
    region		    box block 0.0 ${lx} 0 ${lx} 0.0 ${lz} units box
    create_box	    4 box
    ###创建基体原子
    region		    boundary_layer_down block INF INF INF INF INF 20 units box
    region		    thermostat_layer block INF INF INF INF 20 40.0 units box
    region		    newtonian_layer block INF INF INF INF 40 220 units box
    region		    substracte union 3 boundary_layer_down thermostat_layer newtonian_layer	units box
    create_atoms	1 region substracte units box
    ###创建压头原子(这里的纳米压痕用的是实际压头)
    lattice	        diamond 3.57 	
    region		    indent sphere 110 110 280 50 units box
    create_atoms	4 region indent units box
    ###设定原子质量
    mass		    1 63.55         #Cu
    mass		    2 63.55         #Cu
    mass		    3 63.55         #Cu
    mass		    4 12.01         #C
    #----------------------------------------划分组----------------------------------
    group		    boundary_layer_down region boundary_layer_down
    group		    thermostat_layer region thermostat_layer
    group		    newtonian_layer region newtonian_layer
    group		    tool region indent
    
    set		        group boundary_layer_down type 1
    set		        group thermostat_layer type 2
    set		        group newtonian_layer type 3
    set		        group tool type 4
    
    write_data      intial.data
    

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