在lammps书写in文件的过程中,有哪个命令可以表达粒子穿过十次模拟盒子,还是说并没有?需要通过其他方法去表达出来。
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LAMMPS中并没有直接的命令可以表达粒子穿过模拟盒子的次数。不过可以通过其他方式来实现这个功能,例如使用自定义的fix来记录每个粒子穿过模拟盒子的次数。下面是一种实现方式:
fix pass_box_count all ave/time 1 10 10 c_pass_box
compute pass_box all property/atom x y z
variable pass_box equal 0
label loop
variable i atom
variable x atom
variable y atom
variable z atom
if {${x} < xlo} then "variable pass_box add 1"
if {${x} > xhi} then "variable pass_box add 1"
if {${y} < ylo} then "variable pass_box add 1"
if {${y} > yhi} then "variable pass_box add 1"
if {${z} < zlo} then "variable pass_box add 1"
if {${z} > zhi} then "variable pass_box add 1"
next i
jump SELF loop
fix pass_box_count all ave/time 1 10 10 c_pass_box
这样,c_pass_box中保存的就是每个时间步长内通过模拟盒子的粒子数量的平均值,也就是通过模拟盒子的次数。通过这个方式,可以监控每个粒子通过模拟盒子的次数,并根据需要进行相关的处理。
不知道你这个问题是否已经解决, 如果还没有解决的话:###############################################################
### 输入文件intial.in ###
### 建模时需要将基体材料分为牛顿层、恒温层、固定层 ###
#############################################################
#---------------------------------------全局设置-------------------------
dimension 3
units metal
boundary p p f
atom_style atomic
########################################################################
#---------------------------------------建模----------------------------
variable a equal 3.615 #晶格常数值
variable lx equal 220 #盒子
variable ly equal 220 #三个方向
variable lz equal 400 #大小
###创建盒子
lattice fcc $a orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
region box block 0.0 ${lx} 0 ${lx} 0.0 ${lz} units box
create_box 4 box
###创建基体原子
region boundary_layer_down block INF INF INF INF INF 20 units box
region thermostat_layer block INF INF INF INF 20 40.0 units box
region newtonian_layer block INF INF INF INF 40 220 units box
region substracte union 3 boundary_layer_down thermostat_layer newtonian_layer units box
create_atoms 1 region substracte units box
###创建压头原子(这里的纳米压痕用的是实际压头)
lattice diamond 3.57
region indent sphere 110 110 280 50 units box
create_atoms 4 region indent units box
###设定原子质量
mass 1 63.55 #Cu
mass 2 63.55 #Cu
mass 3 63.55 #Cu
mass 4 12.01 #C
#----------------------------------------划分组----------------------------------
group boundary_layer_down region boundary_layer_down
group thermostat_layer region thermostat_layer
group newtonian_layer region newtonian_layer
group tool region indent
set group boundary_layer_down type 1
set group thermostat_layer type 2
set group newtonian_layer type 3
set group tool type 4
write_data intial.data