AutoDock GPU 批量对接

有人知道AutoDock GPU为什么所有的run里面都是0吗？有些ligands还会显示某某原子和某某原子重合，无法运行程序🤔🤔

以下答案引用自GPT-3大模型,请合理使用：

AutoDock GPU 的批量对接可能会遇到运行出错的问题，其中一种原因可能是某些ligands的原子参数设置不正确，导致无法完成计算。根据具体情况，可以使用以下代码来检查ligands中每个原子的参数是否正确：

//loop through all the atoms in the ligand until we find one with incorrect parameters 
for (int i=0;i<ligand.numAtoms;i++){ 
    Atom atom = ligand.atoms[i];
    //if the atom has incorrect parameters
    if (!atom.parametersAreValid()) {
        //display the incorrect atom information
        System.out.println ("Incorrect parameter found for atom " + atom.getName() + " !");
        //return false to indicate error and abort run
        return false;
    }
}
//return true if all parameters were valid
return true;

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