我按照 https://www.jianshu.com/p/6f7ceb331e97 上的教程在Ubuntu上安装并使用grabseqs,过程中使用anaconda无法安装
使用pip成功安装并下载了依赖程序
可以看到运行-help后有帮助文件显示,说明安装成功了,但是在我下载的时候,却提示:
以上问题如何解决? 万分感谢!
原因分析:根据你提供的图片,发现报错的原因
和位置是在grabseqslib下的sra.py文件中有一
行代码执行报错,引发直接错误的原因是获取
Run这一列数据的下标位置时,由于不存在这
个叫Run的数据,所以报了Run不在list中的错误。
解决建议:有可能是sra数据下载后在自动转
换为fastq文件时,由于sra数据中没有叫Run
的这个数据项,所以可以检查下数据是否有
问题,或者数据的格式是否正确。
其次,检查下相关的依赖是否都已正确安装,
而且版本是否正确,这个很重要,如果各个库
的版本不一样也可能出错