关于#python#的问题:不知道为什么从NCBI里面复制FASTA格式的序列,不论是核酸还是蛋白质,只要是T开头的那一行都会乱码

不知道为什么从NCBI里面复制FASTA格式的序列,不论是核酸还是蛋白质,只要是T开头的那一行都会乱码。而且不论怎么切换,在word,微信里复制粘贴出错的这一行都会出错。

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NCBI FASTA格式中,T开头的一行用于记录标准参考序列名称(即参考基因组)。由于它以不能被所有应用程序处理的Unicode字符作为开头,所以当你复制FASTA格式的序列的时候,T开头的那一行就会显示为乱码。

可能是由于以下几种原因:你可以检查一下

1.序列数据中有非法字符。FASTA格式只能包含DNA或蛋白质序列的字符,如果序列数据中包含非法字符,则会导致复制粘贴时出现乱码。

2.复制粘贴的程序或软件不支持FASTA格式。如果您使用的程序或软件不支持FASTA格式,则复制粘贴时可能会出现乱码。

3.序列数据中存在格式错误。如果序列数据中存在格式错误,则复制粘贴时也可能会出现乱码。

主要排查:
1、本身序列中是否包含非法字符
【源文件中数据是否包含非法字符、或无法解码的类型】
2、格式输出错误
【源文件中的数据在复制粘贴前,是否需要格式转换,以适配软件环境和电脑环境,以符合对应的格式输出】
3、电脑环境【软件环境】
【当前电脑环境、软件环境的格式输出与源文件的数据格式是否匹配】

有个小技巧, 复制的时候开头的字母 T 先不复制, 等粘贴完再手动加上 T 即可

这是因为在 FASTA 格式的文件中,第一行以 ">" 开头,表示它是一条注释行。如果复制的序列数据从第一行开始,那么这条注释行就会被当成是序列的一部分,导致复制的序列数据不正确。应该从第二行开始复制序列数据,这样就可以避免出现乱码的情况了。
仅供参考,望采纳,谢谢。

我不是很了解但我觉得它有可能是转换错误,可以试试转其他的格式,就加一个转换过程

当你从NCBI复制FASTA格式的序列时,如果你发现第一行(即包含序列标识符的行)会出现乱码,这可能是由于序列标识符中包含了一些不能在你的计算机上正常显示的字符。

有一种简单的解决方法是,在复制序列之前,在NCBI网站上打开序列页面,然后在浏览器的地址栏中输入“view=fasta”(不包括引号),然后按回车键。这会将网页重新加载,并显示一个纯文本的FASTA格式序列。然后,你就可以直接复制这个纯文本序列,而不会出现乱码问题。

另外,如果你使用的是Windows操作系统,还可以尝试使用记事本打开FASTA文件,然后选择“文件”菜单中的“另存为”,在“编码”下拉菜单中选择“ANSI”,然后点击“保存”按钮。这样,你就可以得到一个不包含乱码的FASTA文件了。