我在使用Rstudio时想运行这段代码,geneBio <- read_excel("C:/Users/XX/Desktop/ASV_table_format.xlsx", sheet = "Sheet3", col_names = TRUE, col_types = 'guess', na = "NA")
View(geneBio)
GeneEnv<- read_excel("C:/Users/XX/Desktop/sample_map(1).xlsx")
View(GeneEnv)
unweighted_unifrac<-distance(geneBio,method = 'unifrac')
在计算距离矩阵的时候报错:Error in (function (classes, fdef, mtable) :
函数‘distance’标签‘"tbl_df", "character"’找不到继承方法。
请问我应该怎么改我的代码呀?
在 R 语言中,使用 distance() 函数计算距离矩阵时,输入的参数应该是一个矩阵或数据框,而不是一个 tbl_df 类型的对象。
在你的代码中,geneBio 和 GeneEnv 都是使用 read_excel() 函数读取的 Excel 文件,并且没有进行转换。这就导致了 distance() 函数无法识别输入参数的类型,从而报出了上述错误。
为了解决这个问题,你需要在读取 Excel 文件之后,将数据转换成矩阵或数据框的形式。例如,你可以使用 as.matrix() 函数将 geneBio 和 GeneEnv 转换成矩阵,然后再调用 distance() 函数。
示例代码:
geneBio <- read_excel("C:/Users/XX/Desktop/ASV_table_format.xlsx", sheet = "Sheet3", col_names = TRUE, col_types = 'guess', na = "NA")
GeneEnv <- read_excel("C:/Users/XX/Desktop/sample_map(1).xlsx")
# 将 geneBio 和 GeneEnv 转换成矩阵
geneBio <- as.matrix(geneBio)
GeneEnv <- as.matrix(GeneEnv)
unweighted_unifrac <- distance(geneBio, method = 'unifrac')
你把报错截图发给我看一下