关于两个文档内数据的比较问题

问题是这样的
我有两个文档，大概两个里面各有50w多条数据，

我现在需要从a文档里面取出一条，去到b文档对比看有没有重复，如果没有，又重新去a文档取第二行到b文档来对比。如果有重复的就把重复的拿出来放到另外个新建文档保存起来 。。。。就这样，直到查完a文档的全部数据

重点来了，

请问我该怎么快速操作，才能快速搞定这50w条数据？？

仅供参考：

//输出PROG中有但LIST中没有的文本行，即集合PROG-LIST
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include <search.h>
#define MAXCHARS 512
int MAXLINES=10000,MAXLINES2;
char *buf,*buf2;
char PROG[256]="PROG";//程序Program需要的文件列表
char LIST[256]="LIST";//dir /b /s生成的实际文件列表List
FILE *fp,*fl;
int i,c,n,L,hh;
int ignore_case=0;
char ln[MAXCHARS];
int icompare(const void *arg1,const void *arg2) {
   return stricmp((char *)arg1,(char *)arg2);
}
int compare(const void *arg1,const void *arg2) {
   return strcmp((char *)arg1,(char *)arg2);
}
int main(int argc,char **argv) {
    if (argc>1) strcpy(PROG,argv[1]);//命令行参数1覆盖PROG
    if (argc>2) strcpy(LIST,argv[2]);//命令行参数2覆盖LIST
    if (argc>3) ignore_case=1;//若存在命令行参数3，忽略大小写
    if ((fl=fopen(LIST,"rt"))==NULL) {
        fprintf(stderr,"Can not open %s\n",LIST);
        fprintf(stderr,"Usage: %s [PROG] [LIST] [-i]\n",argv[0]);
        return 1;
    }
    if ((fp=fopen(PROG,"rt"))==NULL) {
        fclose(fl);
        fprintf(stderr,"Can not open %s\n",PROG);
        fprintf(stderr,"Usage: %s [PROG] [LIST] [-i]\n",argv[0]);
        return 2;
    }
    buf=(char *)malloc(MAXLINES*MAXCHARS);
    if (NULL==buf) {
        fclose(fl);
        fclose(fp);
        fprintf(stderr,"Can not malloc(%d LINES*%d CHARS)!\n",MAXLINES,MAXCHARS);
        return 4;
    }
    n=0;
    hh=0;
    i=0;
    while (1) {
        if (fgets(ln,MAXCHARS,fl)==NULL) break;//
        hh++;
        L=strlen(ln)-1;
        if ('\n'!=ln[L]) {//超长行忽略后面内容
            fprintf(stderr,"%s Line %d too long(>%d),spilth ignored.\n",LIST,hh,MAXCHARS);
            while (1) {
                c=fgetc(fl);
                if ('\n'==c || EOF==c) break;//
            }
        }
        while (1) {//去掉行尾的'\n'和空格
            if ('\n'==ln[L] || ' '==ln[L]) {
                ln[L]=0;
                L--;
                if (L<0) break;//
            } else break;//
        }
        if (L>=0) {
            strcpy(buf+i,ln);i+=MAXCHARS;
            n++;
            if (n>=MAXLINES) {
                MAXLINES2=MAXLINES*2;
                if (MAXLINES2==1280000) MAXLINES2=2500000;
                buf2=(char *)realloc(buf,MAXLINES2*MAXCHARS);
                if (NULL==buf2) {
                    free(buf);
                    fclose(fl);
                    fclose(fp);
                    fprintf(stderr,"Can not malloc(%d LINES*%d CHARS)!\n",MAXLINES2,MAXCHARS);
                    return 5;
                }
                buf=buf2;
                MAXLINES=MAXLINES2;
            }
        }
    }
    fclose(fl);
    if (ignore_case) qsort(buf,n,MAXCHARS,icompare);
    else qsort(buf,n,MAXCHARS,compare);
    hh=0;
    while (1) {
        if (fgets(ln,MAXCHARS,fp)==NULL) break;//
        hh++;
        L=strlen(ln)-1;
        if ('\n'!=ln[L]) {//超长行忽略后面内容
            fprintf(stderr,"%s Line %d too long(>%d),spilth ignored.\n",PROG,hh,MAXCHARS);
            while (1) {
                c=fgetc(fp);
                if ('\n'==c || EOF==c) break;//
            }
        }
        while (1) {//去掉行尾的'\n'和空格
            if ('\n'==ln[L] || ' '==ln[L]) {
                ln[L]=0;
                L--;
                if (L<0) break;//
            } else break;//
        }
        if (L>=0) {
            if (ignore_case) {
                if (NULL==bsearch(ln,buf,n,MAXCHARS,icompare)) printf("%s\n",ln);
            } else {
                if (NULL==bsearch(ln,buf,n,MAXCHARS,compare)) printf("%s\n",ln);
            }
        }
    }
    fclose(fp);
    free(buf);
    return 0;
}