C#字符串占用的堆内存无法释放问题

如题，C#使用GetFiles()获取目录下文件时，会返回一个字符串数组，由于程序运行处理的总文件数量很大，有几百万甚至上千万个，最后运行完后堆内会留下几GB甚至十几GB的字符串内存，这部分内存无论如何也释放不掉，请问有什么方法可以解决，使它能在运行完毕后清理掉这部分无效字符串内存存储？
因为是一个需要长期运行的程序，每隔一定时间就要自行对指定目录下的文件作处理，所以不得不考虑这个问题，无效内存必须可以在运行后彻底释放。每次执行时会新开一个线程调用函数进行处理，与主线程没什么关联。

system("dir /b /a-d c:\. >d:\allfiles.txt");
//读文件d:\allfiles.txt的内容即C:\下所有文件的名字
system("dir /b /a-d /s c:\. >d:\allfilesinsub.txt");
//读文件d:\allfilesinsub.txt的内容即C:\下所有文件的名字包含子目录
system("dir /b /ad c:\. >d:\alldirs.txt");
//读文件d:\alldirs.txt的内容即C:\下所有子目录的名字
请记住，能用shell命令获取文件、文件夹信息或者操作文件、文件夹最好用shell命令获取或者操作，而不要用各种API获取或者操作，因为当遇到非法文件夹名或非法文件名或非法文件长度、非法文件日期、压缩文件、链接文件、稀疏文件……等各种意料之外的情况时，API会处理的不全面或陷入死循环，而shell命令不会。
如果嫌system黑窗口一闪，将system("...")替换为WinExec("cmd /c ...",SW_HIDE);