装了两个数据库，都能启动起来，但是每次进都是原来的数据库，这是怎么回事

每次进来都是原来的数据库是什么意思？是指都是3306这个数据库实例吗？你连接的方式是否通过本地sock连接？
你两个实例配置的sock文件存储路径和名称都是一样的。

谁知道你怎么连的，自己去指定host和port，如果还是之前的db，那才是问题

通过指定ip和端口就可以了