微生物全基因组有关问题

测序的时候把两株菌写反了,对后续有什么影响?哪些数据是还能用的?
就是枯草和地衣两株菌,把它们写反了,公司那边出来的结果还可信吗?

把两株微生物的测序结果写反会对后续分析产生一定的影响,不过具体影响的程度取决于后续分析的目的和方法。

首先,针对两株菌株,它们的全基因组序列在基因组大小、GC含量、基因数目、基因组结构、功能基因等方面可能存在差异。因此,如果样品标签被写反,测序结果中的两株菌株的序列数据被混淆了,相关数据分析结果也就失去了原有的意义。例如,如果要进行菌株的关系分析,建立菌株的进化树、进行菌株类群鉴别、抗药性分析等,混淆了不同菌株的数据很可能导致分析结果不准确或失去意义。

其次,对于具体哪些数据是还能用的,需要根据测序和分析的具体情况而定。如果测序数据存在混淆情况,那么基于该数据进行的菌株特征分析、基因组注释、基因的拼图、SNP/InDel分析等都可能受到影响。但是,最基本的序列组装、质量过滤、日报生成等基本数据分析流程一般情况下可能还是可以进行的。当然,为了避免数据出现较大的质量问题,建议重新测序或尝试使用其他方法纠正数据。

最后,出现错误后取决于数据可信程度仍需进行一定的鉴定。如果公司可以在测序数据出来之后正确识别错误并及时进行更正,则可能结果仍可信。建议联系公司技术支持,确认标签是否已经更正,并了解可区分两株菌株的其他信息,从而根据实际情况作出决策。