不同的功能代码是放在同一个php文件还是一个功能一个文件呢

比如user方面的会涉及到查询user 修改user和删除user 
这些是全部放在一个user.php文件里，比如
if($act==get)
if($act==set)
判断请求，
还是放在不同的php文件里好呢？
比如
user/get.php
user/set.get.php
……

都可以。看你喜好。

如果要写不可维护代码，建议你全部写到一起。

如果要写可维护性强的，清晰的，可以适当做一下拆分，放不同文件，或者同一个文件，封装不同的方法来处理。