刚入门RNA-seq，现在在照着一篇文献做基因差异分析，但是文献用的工具是DESeq，但现在这个工具已经被舍弃了？普遍用的好像都是DESeq2了。所以想问一下现在是不是都不用DESeq了，有没有比较直观的比较DESeq和DESeq2用法，如果还可以用DESeq的话应该怎么安装呢?Bioconductor已经不能安装了。
请问您解决了吗？我也在困扰这个问题，还请不吝赐教
请问你的问题解决了吗？我也正在被这个事困惑着，主要是得到的测序结果用DEGseq做的差异分析的话数量比较多，而用DEseq2筛到的基因好少呀
我是照着官方的手册修改的[裂开]，看原文献中DESeq代码的功能，对照到DESq2相似功能，然后改代码。
https://rdrr.io/bioc/DESeq/f/inst/doc/DESeq.pdf
http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html
这个教程也有些帮助：
https://pzweuj.github.io/2018/07/18/rna-seq-4.html