为什么bat里面执行java代码会比在eclipse执行里面慢许多

我在做一个项目需要解析HL7的消息，用了hapi-osgi-base-1.2.jar这个jar包来解析HL7消息，我是在写好的方法放在bat里面调用运行的，并且用了下面的代码进行测试执行的效率，我发现在前面几次循环大概需要100ms解析完成，但是当for循环达到30次的时候，解析就需要1min左右了。
之后我在eclipse里面直接执行相同的代码，发现每次解析都只需要20ms左右，这就有点尴尬了。之前也用bat执行做过很多代码，都很正常，唯一感觉有点区别的，就是这个解析的jar里面有很多的log日志，执行的时候我也感觉是日志刷新导致的程序运行缓慢，但是没法求证，还请大神帮忙分析一下
for(int i=0;i<100;i++){
Message hapiMsg = null;
Parser p = new GenericParser();
try {
TUtil.out("aaaaggdd.txt", Thread.currentThread().getName()+"开始解析消息："+(new Date().getTime()));
time = new Date().getTime();
hapiMsg = p.parse(str);
TUtil.out("aaaaggdd.txt", Thread.currentThread().getName()+"解析消息："+str);
TUtil.out("aaaaggdd.txt", Thread.currentThread().getName()+"解析消息完成："+(new Date().getTime())+" 时长"+(new Date().getTime()-time)+"ms");
} catch (Exception e) {
e.printStackTrace();
}
// new ManageHL7().manageHL7(str);
}

刚刚我试着把dos窗口给隐藏，来执行这段代码，然后运行效果就很好，会不会是dos窗口刷新log日志太多，而消耗太多资源呢，有办法求证这个问题吗

感觉日志不至于造成这么大的影响。从现象来看，达到一定量级就出问题有可能是哪一步你没有清空积累的东西，导致越走越慢。
比如类似于这种代码：

StringBuffer sb=new StringBuffer();
for(int i=0;i<count;i++){
sb.append("count n="+count);
System.out.println(sb.toString);
}

另外可以试试bat中cmd start /c 接你后面的程序，java 线程起来之后把cmd窗口干掉。