小弟刚出来工作，第一个项目是建的asp.net空网站，但是在发布网站的时候会把每个bin文件里的每个cs类文件生成一个随机命名的dll文件，网站上线后，如果有些功能要修改cs文件的话，就很麻烦，要重新上传所有的内容，听说新建web应用程序就不会有这个问题，web应用程序会把cs文件封装在一个dll里面，是这样吗？这些我都还不是很懂，做网站的话是新建哪个好点，各自有什么优缺点？希望前辈们指教一下，万分感谢。
http://www.cnblogs.com/jianglan/archive/2012/02/28/2371064.html
不会，你随时上传你的程序，包括dll，asp.net会自动编译和重启，都很方便的。
你asp.net工程编译生成dll，然后你再publish，这样每次修改cs代码，只需要编译一下，生成新的dll发布到网站中使用，而代码就不需要发布，这样也更安全，防止别人查看源码，知道你的代码逻辑等
http://www.cnblogs.com/jianglan/archive/2012/02/28/2371064.html