perl程序处理 两个区域文件的交集

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

# 打开第一个区域文件
open(my $file1, '<', 'file1.txt') or die "无法打开文件1: $!";

# 打开第二个区域文件
open(my $file2, '<', 'file2.txt') or die "无法打开文件2: $!";

# 创建一个哈希表来保存交集的结果
my %intersection;

# 读取第一个文件的每一行
while (my $line = <$file1>) {
    chomp($line);
    my ($chr1, $start1, $end1, $data1) = split("\t", $line);

    # 读取第二个文件的每一行
    while (my $line2 = <$file2>) {
        chomp($line2);
        my ($chr2, $start2, $end2, $data2) = split("\t", $line2);

        # 检查染色体和起始位置-终止位置是否匹配
        if ($chr1 eq $chr2 && $start1 <= $end2 && $end1 >= $start2) {

            # 把交集的信息保存到哈希表中
            $intersection{"$chr1:$start1-$end1"}{$data1}++;
            $intersection{"$chr2:$start2-$end2"}{$data2}++;
        }
    }

    # 将文件指针重新定位到第二个文件的开头
    seek($file2, 0, 0);
}

# 关闭文件句柄
close($file1);
close($file2);

# 输出交集的结果
foreach my $region (keys %intersection) {
    my $data = join(", ", keys %{$intersection{$region}});
    print "$region\t$data\n";
}