取基因有效长度时报错

从gtf文件中计算获取基因有效长度时，用GenomicFeatures包导入gtf时出现以下错误怎么办？有人知道吗？
#代码
txdb <- makeTxDbFromGFF("gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz",format="gtf")
结果Import genomic features from the file as a GRanges object ... Error in open.connection(con, open) : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In open.connection(con, open) :
cannot open compressed file 'gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz', probable reason 'No such file or directory'

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答：
这个错误通常是由于文件路径错误导致的。在R中，你需要确保给出的文件路径是正确的并且存在于你的工作目录下。

你可以尝试以下几种方法来解决这个问题：

  1. 确保文件路径正确：检查一下给出的文件路径是否是正确的。你可以尝试直接在R中使用list.files()函数来列出当前目录下的所有文件，然后确认你的文件是否在其中。

  2. 确保文件存在：确保给出的文件路径对应的文件存在。你可以尝试使用file.exists()函数来检查文件是否存在。例如：

    file.exists("gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz")

  3. 使用绝对路径：如果你不确定文件路径是否正确，可以试着使用绝对路径来指定文件的位置。你可以使用file.path()函数来构建一个绝对路径。例如：

    file.path("/path/to/your/file/gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz")

  4. 检查文件的权限：确保你对文件具有读取权限。你可以尝试以管理员身份或使用sudo命令来运行R，以确保你有足够的权限来读取文件。

如果以上方法都没有解决问题，那么很可能是文件损坏或压缩格式不被支持。你可以尝试使用其他的gtf文件来确认是否是文件的问题。