用mvista网页版比对了几个细菌基因组,有几个数据处理问题
- 怎么才能把不同基因组的特异基因提取出来呢
- 结果页面调整相似度起始阈值(y轴)为0后,pdf版本的结果能显示阈值是从0开始,但是point版本结果好像没有确切地显示出来,怎么调整point结果的参数呢
因为viata比对结果还是挺清楚美观的,所以想解决一下这个问题
对于你的问题,提供以下建议:
1.提取不同基因组的特异基因:
这个过程可能需要一些bioinformatics的知识,以下是一种可能的方法:
- 使用一个比如BLAST之类的工具,比较所有基因组间的所有基因。
- 记录每个基因在哪两个基因组间的相似性最高。
- 如果一个基因在两个基因组间的相似性高于其他基因组,那么这个基因可能就是这两个基因组特有的。
- 将这些特异基因从对应的基因组中提取出来。
也可以考虑使用现成的工具如Panaroo,这是一个用于分析多序列对比结果的R包,能够分析并绘制出特定于每个物种的基因或序列。
2.调整point版本的结果参数:
对于这个问题,需要明确一下mvista网页版是否支持对point版本结果参数的调整。如果支持的话,可以尝试在结果页面找到相应的参数设置选项进行调整。如果不支持的话,可能需要联系mvista的技术支持或者查阅相关文献了解更多信息。
以上建议仅供参考,数据处理问题有时候可能需要反复尝试和验证,根据具体情况做出判断。