脚本1求解cd到目录了

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脚本1：
perl /mnt/sdb/share/bin/find_identical.pl
数据路径：/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table

  1. 查看两个table表之间基因共有ID，各自特有ID，如果共有分别输出各自共有的结果和合并的共有结果，数据1.DEG.xls，2.DEG.xls
  2. 查找pep.faa文件和1.DEG.xls第一列共有的编号，分别输出共有，特有的结果
  3. 1.DEG.xls第一列基因编号加上功能描述， 没有功能的用 - 替代； 基因功能文件：all.gene.func.txt
  4. 找出snp.anno.xls文件内targetScanS ,esp6500si_all , GnomAD_EAS_AF, CADD表头分别位于第几列，并输出
  5. 去除snp.anno.xls文件内Ori_REF,Ori_ALT, shared_hom, shared_het, OMIM这些列

脚本2：
perl /mnt/sdb/share/bin/deal_fa.pl
数据路径：/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/fasta
要求：

  1. 过滤掉长度1000bp一下的序列
  2. 提取目标区域（region.txt）内的序列
  3. 计算每个scaffold序列的长度
  4. 以100bp为窗口计算scaffold窗口内的GC含量
  5. scaffold序列基本信息统计（N50，N90，最大长度，最小长度等）
  6. 以300个N链接scaffold序列
  7. scaffold的拆分为contig
  8. 每两个序列拆分为一个文件
  9. 反向互补scaffold的序列
  10. 把不标准的scaffold的序列变成标准的scaffold的序列
  11. fasta文件转化为fastq格式文件
  12. 修改fasta序列前缀名称；前缀为： part

看起来你提供的两个脚本是Perl语言编写的，用于处理和解析不同的文件类型，包括Excel文件、FASTA文件和ANNO文件等。根据你的描述，这两个脚本似乎没有直接的依赖关系，因此我无法确定他们是否可以一起执行。不过，我可以帮助你理解每个脚本的功能，并为你提供每个脚本的大致实现思路。

  1. 脚本1：find_identical.pl
    这个脚本似乎是用来查找两个表格（或Excel文件）之间共有和特有的基因ID，以及相关的功能描述。具体实现可能需要借助Excel处理库（如Excel::Writer或LibreOffice），用于读取和写入Excel文件；以及可能还需要使用一些生物信息学库，比如BioPerl，用于处理基因和蛋白质序列等。
  2. 脚本2：deal_fa.pl
    这个脚本看起来是用来处理FASTA文件，并进行一些列的统计分析，包括过滤序列长度，提取目标区域，计算序列长度，GC含量等。你需要使用一些生物信息学库（如BioPerl或Bioperl-Ext）来解析和处理FASTA文件；以及一些用于数据处理和统计分析的Perl库。

为了实现这些功能，你可能需要对Perl语言有一定的熟悉度，并且需要掌握一些基础的生物信息学知识和技能。如果你对Perl还不熟悉，我推荐你首先学习Perl语言的基础知识，包括变量、控制流、子程序、数组、文件I/O等。然后再学习一些相关的生物信息学库和工具，以便你可以更准确地理解和实现你的脚本。

【以下回答由 GPT 生成】

问题标签: Linux

问题标题: 脚本1求解cd到目录了

问题内容:

我有一个问题关于在Linux环境中运行脚本1的一些操作。

脚本1是一个Perl脚本，路径为/mnt/sdb/share/bin/find_identical.pl。

脚本的数据路径是/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table。

下面是我需要进行的操作：

  1. 查看两个table表之间的基因共有ID和各自特有ID。如果有共有的ID，分别输出各自的共有结果和合并的共有结果。这两个表分别是1.DEG.xls和2.DEG.xls。

  2. 查找同样存在于pep.faa文件和1.DEG.xls第一列的编号，并分别输出共有的和特有的结果。

  3. 给1.DEG.xls第一列的基因编号加上功能描述，并且如果某个基因没有功能描述，就用 '-' 来代替。基因功能文件为all.gene.func.txt。

  4. 找出snp.anno.xls文件中targetScanS、esp6500si_all、GnomAD_EAS_AF、CADD这四个表头分别位于第几列，并将结果输出。

  5. 从snp.anno.xls文件中删除Ori_REF、Ori_ALT、shared_hom、shared_het、OMIM这些列。

解决方案：

  1. 查看两个table表之间的基因共有ID和各自特有ID。

解决方案1：使用perl脚本来处理表格数据并找出共有ID和各自特有ID。

```bash #!/usr/bin/perl

use strict; use warnings; use Text::CSV;

# 表格文件路径 my $table1_path = '/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/1.DEG.xls'; my $table2_path = '/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/2.DEG.xls';

# 打开表格文件 my $csv = Text::CSV->new({ binary => 1 }) or die "Cannot use CSV: " . Text::CSV->error_diag(); open my $table1_fh, "<", $table1_path or die "$table1_path: $!"; open my $table2_fh, "<", $table2_path or die "$table2_path: $!";

# 读取表格数据 my %table1_genes; my %table2_genes; my @shared_genes;

while (my $row = $csv->getline($table1_fh)) { my $gene_id = $row->[0]; $table1_genes{$gene_id} = 1; } close $table1_fh;

while (my $row = $csv->getline($table2_fh)) { my $gene_id = $row->[0]; $table2_genes{$gene_id} = 1; push @shared_genes, $gene_id if exists $table1_genes{$gene_id}; } close $table2_fh;

# 输出结果 print "Table 1 unique genes:\n"; foreach my $gene_id (sort keys %table1_genes) { next if exists $table2_genes{$gene_id}; print "$gene_id\n"; }

print "\nTable 2 unique genes:\n"; foreach my $gene_id (sort keys %table2_genes) { next if exists $table1_genes{$gene_id}; print "$gene_id\n"; }

print "\nShared genes:\n"; foreach my $gene_id (@shared_genes) { print "$gene_id\n"; } ```

  1. 查找同样存在于pep.faa文件和1.DEG.xls第一列的编号，并分别输出共有的和特有的结果。

解决方案2：使用awk命令来处理文本数据并找出共有和特有的编号。

```bash #!/bin/bash

# 文件路径 pep_faa_path="/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/pep.faa" table1_path="/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/1.DEG.xls"

# 查找共有的编号 shared_ids=$(awk 'NR==FNR{a[$1];next} ($1 in a)' "$pep_faa_path" "$table1_path")

# 查找特有的编号 unique_ids=$(awk 'NR==FNR{a[$1];next} !($1 in a)' "$pep_faa_path" "$table1_path")

# 输出结果 echo "共有的编号：" echo "$shared_ids"

echo "特有的编号：" echo "$unique_ids" ```

  1. 给1.DEG.xls第一列的基因编号加上功能描述，并且如果某个基因没有功能描述，就用 '-' 来代替。基因功能文件为all.gene.func.txt。

解决方案3：使用awk命令将功能描述添加到1.DEG.xls文件中。

```bash #!/bin/bash

# 文件路径 gene_func_path="/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/all.gene.func.txt" table1_path="/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/1.DEG.xls"

# 添加功能描述 awk -F'\t' 'NR==FNR{a[$1]=$2;next} {$1=($1 in a)?$1"\t"a[$1]"\t":"-" "\t"}1' OFS='\t' "$gene_func_path" "$table1_path" > "$table1_path.tmp"

# 替换原文件 mv "$table1_path.tmp" "$table1_path" ```

  1. 找出snp.anno.xls文件中targetScanS、esp6500si_all、GnomAD_EAS_AF、CADD这四个表头分别位于第几列，并将结果输出。

解决方案4：使用awk命令来查找列索引。

```bash #!/bin/bash

# 文件路径 snp_anno_path="/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/snp.anno.xls"

# 查找表头索引 targetScanS_index=$(awk -F'\t' 'NR==1{for (i=1; i<=NF; i++) if ($i == "targetScanS") {print i; exit}}' "$snp_anno_path") esp6500si_all_index=$(awk -F'\t' 'NR==1{for (i=1; i<=NF; i++) if ($i == "esp6500si_all") {print i; exit}}' "$snp_anno_path") GnomAD_EAS_AF_index=$(awk -F'\t' 'NR==1{for (i=1; i<=NF; i++) if ($i == "GnomAD_EAS_AF") {print i; exit}}' "$snp_anno_path") CADD_index=$(awk -F'\t' 'NR==1{for (i=1; i<=NF; i++) if ($i == "CADD") {print i; exit}}' "$snp_anno_path")

# 输出结果 echo "targetScanS is in column $targetScanS_index" echo "esp6500si_all is in column $esp6500si_all_index" echo "GnomAD_EAS_AF is in column $GnomAD_EAS_AF_index" echo "CADD is in column $CADD_index" ```

  1. 从snp.anno.xls文件中删除Ori_REF、Ori_ALT、shared_hom、shared_het、OMIM这些列。

解决方案5：使用awk命令来删除指定列。

```bash #!/bin/bash

# 文件路径 snp_anno_path="/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table/snp.anno.xls"

# 删除指定列 awk -F'\t' 'BEGIN {OFS = FS} {$1 = $2 = $8 = $9 = $12 = ""; sub("\t\t", "\t", $0); sub("\t\t", "\t", $0); sub("\t\t", "\t", $0); sub("\t\t", "\t", $0); sub("\t$", "", $0); print}' "$snp_anno_path" > "$snp_anno_path.tmp"

# 替换原文件 mv "$snp_anno_path.tmp" "$snp_anno_path" ```

希望以上解决方案能满足你的需求。如果还有其他问题，请随时提问。


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