CAT12运行时Create initial surface后面的步骤报错,请问一下是什么问题?
报错代码如下:
Thickness estimation (0.50 mm³)
WM distance: 33s
CSF distance: 8s
PBT2x thickness: 23s
67s
Create initial surface 51s
Topology correction:
------------------------------------------------------------------------
CAT Preprocessing error for DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301:
------------------------------------------------------------------------
Surface file D:警告: 控制字符 '\M' 无效。有关格式字符串中的有效控制字符的信息,请参阅 'doc sprintf'。
> In cat_io_cprintf at 335
In cat_run_newcatch at 57
In cat_run>run_job at 1170
In cat_run at 706
In matlabbatch\private\cfg_run_cm at 29
In cfg_util>local_runcj at 1717
In cfg_util at 972
In cfg_ui>MenuFileRun_Callback at 710
In gui_mainfcn at 95
In cfg_ui at 53
1882 - loadSurf
1148 - cat_surf_createCS2
794 - cat_main1639
1269 - cat_run_job1639
40 - cat_run_newcatch
1170 - run_job
706 - cat_run
29 - cfg_run_cm
1717 - local_runcj
972 - cfg_util
710 - MenuFileRun_Callback
95 - gui_mainfcn
53 - cfg_ui
------------------------------------------------------------------------
Print 'Graphics' figure to:
D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\report\catreport_DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.pdf
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\label\catROI_DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.xml" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\lh.central.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\lh.sphere.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\lh.sphere.reg.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\lh.thickness.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\rh.central.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\rh.sphere.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\rh.sphere.reg.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\rh.thickness.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\rh.pbt.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301" from dependency list because it does not exist!
One or multiple files do not exist and were removed from the dependency list
and following batches will may not work correctly!
24-Aug-2023 19:03:05 - Done 'CAT12: Segmentation'
24-Aug-2023 19:03:05 - Done
Remove "D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\rh.sphere.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist!
这种路径,里面的\,全部替换为\\
\替换我觉得解决不了,它本身在windows里代表了合法字符,先用Osirix DICOM Viewer工具去检查文件有没有损坏,如果你电脑上有python的情况下,使用
import pydicom
dicom_file = pydicom.dcmread('filename.dcm')
print(dicom_file)
根据提供的报错信息,出现了以下几个问题:
1、 控制字符无效警告:报错信息中提到控制字符 '\\M' 无效,这可能是因为代码中包含了不被识别的转义字符。请检查代码中的字符串,确保没有使用不支持的转义字符。
2、 文件不存在警告:报错信息中提到多个文件不存在并从依赖列表中被移除。这可能是因为指定的文件路径不正确或者文件确实不存在。请检查文件路径是否正确,并确保这些文件存在于指定的位置。
解决这些问题的方法包括:
1、 检查代码中的字符串,特别是与文件路径相关的部分,确保没有使用不支持的转义字符或者特殊字符。
2、 检查报错信息中提到的文件路径,确认这些文件是否存在于指定的位置。如果文件不存在,需要检查文件路径是否正确,并确保文件已经被正确地放置在指定路径。
如果以上方法没有解决问题,可能需要进一步检查代码逻辑、输入数据等方面,以确定导致报错的具体原因。
如果以上回答对您有所帮助,点击一下采纳该答案~谢谢
根据您提供的错误信息,似乎是在进行CAT12预处理时出现了问题。具体来说,"Create initial surface"步骤出现了错误。错误信息中提到了一个表面文件的问题,以及依赖项列表中存在一个不存在的文件路径。您可能需要检查表面文件的文件名和路径是否正确,并且确保依赖项列表中的所有文件都存在。如果问题仍然存在,您可以尝试重新运行CAT12预处理,或者检查CAT12的安装是否正确。
援引讯飞星火:
报错信息显示,控制字符'\M'无效。这可能是因为在字符串格式化时使用了不支持的格式。请检查代码中的cat_io_cprintf
函数,找到第335行,并检查是否有不正确的控制字符。如果可能的话,尝试将控制字符替换为正确的格式字符。
D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\label\catROI_DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.xml
D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\lh.central.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii
这些路径不存在就会导致这个错误
参考gpt:
结合自己分析给你如下建议:
您的CAT12或SPM12版本不是最新的,建议您更新到最新版本。
您的MRI数据质量不好,导致分割或拓扑校正出现问题,建议您检查数据质量或使用其他数据。
您的MRI数据方向与模板不一致,导致配准或分割出现问题,建议您检查数据方向或使用其他工具调整方向。
"D:\MRI数据\2 T1 3D S - 副本\DICOM\surf\rh.sphere.reg.DICOM_WIP_sT1W_3D_TFE_32_channel_20230224200621_301.gii" from dependency list because it does not exist! 依赖中不存在,检查你的路径有没有错误或者有没有这个文件
参考结合GPT4.0、文心一言,如有帮助,恭请采纳。
根据报错,先看下DICOM文件有没有损坏或缺失,然后,根据CAT12官方文档检查下软件的版本和配置,主要检查下系统环境和软件依赖项
如果上面没有问题,建议重新运行程序,看是否还有问题。
换成双斜杠试一下。
引用gpt作答:
根据你提供的错误信息,报错是关于控制字符 '\M' 无效的警告。这可能是由于在文件路径或文件名中使用了无效的控制字符导致的。
为了解决这个问题,你可以尝试以下几个方法:
检查你的文件路径和文件名中是否包含了无效的控制字符。控制字符包括特殊字符、空格、斜杠等。尝试修改文件路径和文件名,确保它们只包含有效的字符。
如果你使用的是MATLAB的sprintf函数来生成文件路径或文件名,确保你正确使用了转义字符。例如,如果你想在文件路径中包含反斜杠字符,你需要使用两个反斜杠来表示一个反斜杠,即 '\\'。
检查CAT12工具的版本和更新情况。有时,报错可能是由于工具本身的bug引起的。尝试更新CAT12工具到最新版本,或者查看CAT12的官方文档和支持论坛,看是否有关于类似问题的解决方案。
如果以上方法都无法解决问题,建议你提供更多的代码和详细描述,以便我能够更好地帮助你解决问题。
结合GPT给出回答如下请题主参考
根据提供的信息,无法确定报错的具体原因。但是,错误信息中提到了“Thickness estimation (0.50 mm³)”,可能是与皮层厚度估计有关的问题。建议检查输入数据的质量和格式是否正确,并确保使用的是最新版本的CAT12软件。此外,可以尝试重新安装软件或者联系软件开发者获取支持。
问题出现在处理DICOM文件时,可能是由于无效的控制字符导致的。确认DICOM文件没有损坏或存在其他问题。
参考gpt
根据您提供的错误信息,CAT12在执行"Create initial surface"步骤时出现了问题。具体错误信息如下:
警告: 控制字符 '\M' 无效。有关格式字符串中的有效控制字符的信息,请参阅 'doc sprintf'。
这个错误通常表示在代码中使用了无效的控制字符。在CAT12中,可能是在生成文件路径或格式化输出时出现了问题。
解决此问题的步骤如下:
检查CAT12的输入参数:请确保您正确设置了输入参数,包括输入文件的路径、格式和其他必要的参数。确保路径中没有包含特殊字符或无效的控制字符。
检查CAT12代码中的字符串处理:检查CAT12代码中的字符串处理部分,特别是与文件路径和格式相关的代码。确保代码中没有使用无效的控制字符或无效的格式化输出。
更新CAT12版本:如果您正在使用较旧的CAT12版本,尝试更新到最新版本,以确保问题得到修复。
查找CAT12的文档和支持资源:查找CAT12的官方文档、用户手册或支持资源,以获取更多关于该错误的详细信息和解决方案。您可以参考CAT12的官方网站或与CAT12的开发者或用户社区联系。
题主,这个问题我来替你解决(参考结合AI智能、文心一言),若有帮助,还望采纳,点击回答右侧采纳即可。
这个错误提示表明程序在依赖列表中发现了一个不存在的文件路径,并且已将其从依赖列表中移除。因此,可能会影响后续操作的正确性。
你需要检查一下这个路径下的文件是否已经被删除或者移动了,如果是的话,需要更新依赖列表中的路径。或者你需要检查一下程序中的代码是否正确地引用了这个路径,如果是的话,也需要修改代码中的路径。
文件路径或文件名中包含了特殊字符或不兼容的字符,CAT12的Create initial surface步骤在运行时需要读取文件来创建初始表面,如果文件路径或文件名包含了无效字符,就会导致报错